貴船神社（きふねじんじゃ）は、岐阜県大垣市本町にある神社。大垣市本町の水門川沿いにある。戸田氏鉄が摂津国尼崎藩藩主の時、京都の貴船神社から分社して祀ったのが始まりという。戸田氏鉄が尼崎藩藩主であったのは元和2年（1616年）から寛永12年（1635年）であることから、分社したのはこの時期と推測される。寛永12年（1635年）に美濃国大垣藩に移封された際、当神社も大垣城内に移転。戸田氏は当神社の他、熊野神社など7社を大垣城内に祀っていた。明治4年（1871年）4月頃、大垣城下の本町の住民が旧藩主の戸田氏共に願い出、大垣城内の貴船神社と熊野神社を本町の鎮守として祀る。同年10月、遮那院（白鳳年間に百済の王子沙門金珠が創建したという寺。明治2年廃寺。現在の大垣市清水町付近）の東惣門櫓台跡地に貴船神社と熊野神社を合祀、貴船神社と称した。

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