小長井駅（こながいえき）は、長崎県諫早市小長井町小川原浦にある、九州旅客鉄道（JR九州）長崎本線の駅である。当駅（正確には土井崎信号場）より長崎方面は長崎支社の管轄となる。島式ホーム1面2線を持つ地上駅。駅舎側にホームに面さない側線が1本ある。一線スルー式配線ではなく、左側通行である。817系電車に対応して2両分のホームがかさ上げされている。ホームと駅舎を跨線橋（屋根なし）が結んでいる。駅舎にはハートフルこながいという愛称がつけられている。無人駅であるが、自動券売機（磁気券ではない）が設置されている。長崎本線の諫早 - 肥前山口間では唯一、気動車（キハ66・67）の運用が当駅まである。駅前を国道207号が通っており、道沿いに商店が少しある。小川原浦地区の集落の中心は駅の北東にやや離れている。

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