三大始祖（さんだいしそ）とは現在のサラブレッドの直系父系祖先を可能な限り遡った場合に辿り着くダーレーアラビアン (Darley Arabian 1703) ・バイアリーターク (Byerley Turk 1679) ・ゴドルフィンアラビアン (Godolphin Arabian 1724) の3頭の種牡馬のことである。現存のサラブレッドの血統を、記録の残る限り父の父そのまた父というふうに遡っていくと必ず3頭の種牡馬に辿り着く。この3頭を三大始祖と称する。この3頭が生きていた時代はサラブレッドと言う概念が成立する前であり、いずれもサラブレッドではない。後世に「サラブレッド」として品種が確立されたウマの父系先祖をたどった場合に、個体の記録が公式に残っているものとして行きつく最古のウマ、ということである。現在のサラブレッドの定義の基礎となっているジェネラルスタッドブックには、この3頭を含めて100頭以上の種牡馬が記録されているが、三大始祖以外の種牡馬の父系子孫はいずれも絶えており、現存していない。日本では上記それぞれの父系子孫で、これらの父系を発展させた3頭を三大始祖と称する場合もある。サラブレッドの場合、エクリプスを介さないダーレーアラビアンの父系子孫は現存していない。ほかの系統も同様である。したがって、現存のサラブレッドについては、ダーレーアラビアンの父系子孫はすべてエクリプスの父系子孫となる。このため、現存のサラブレッドを分類する場合、エクリプス系、ヘロド系、マッチェム系と3つに大別する場合がある。混同を避けるため前者を三大始祖、後者を三大基礎種牡馬として区別する場合もあるが、英語圏で三大基礎種牡馬 (three foundation stallions) と言った場合、ダーレーアラビアン、ゴドルフィンアラビアン、バイアリータークの3頭を指す。ほかに三大根幹種牡馬などとも言う。三大始祖は本来はサラブレッドにおける概念であるが、サラブレッドは他の品種の改良にも使われたため、中間種でも三大始祖のいずれかが系図上の始祖となっていることが多い。競走馬として使われるスタンダードブレッドは、エクリプスを介さないダーレーアラビアン系であるフライングチルダーズ系が実に99%をも占める。イタリア史上最強馬ヴァレンヌを例にとるととなっている。ただしスタンダードブレッド以外のトロッターにまで広げるとマッチェム系も若干の勢力を持っている。三大始祖はサラブレッドがまだイングランドのランニングホースと呼ばれていた時代にさかのぼる。当時は三大始祖以外の父系も数多く存在していた。代表的な物としては、オルコックアラビアン系や、ダーシーズホワイトターク系があり、ジェネラルスタッドブック第一巻には三大始祖を含めた102頭の基礎種牡馬が記載されている。これら102頭の内実際に父系を伸ばせたのは10数頭であったが、それでも18世紀初頭には必ずしも現在の三大始祖が特別な地位を占めていたわけではなかった。ダーレーアラビアンはフライングチルダーズの父として著名であったが、ゴドルフィンアラビアンはまだ種牡馬として活躍する前で、若干古いスパンカー（ダーシーズイエローターク系）やベイボルトン（ダーシーズホワイトターク系）の父系も強かった。18世紀中ごろになると三大始祖以外の父系は衰退し相次いで絶えていった。その中で唯一クラブを経由したオルコックアラビアンの系統がなおも残り、スペクテイターなどはマッチェムを破る活躍を見せ種牡馬としても成功したが、父系が発展することは無かった。直後に三大始祖の系統から出たエクリプスやヘロド、ハイフライヤーが種牡馬として大きな成功を収める中クラブの分枝は全て絶え、なおも系統を繋いだスペクテイターの仔マークアンソニーからは1785年のイギリスダービーを制覇したエイムウェルが出たが、これが事実上最後の活躍馬となった。また、当時サラブレッドが導入され始めていた北米ではダーシーズホワイトタークとセントヴィクターズバルブの子孫が残っていたことが記録されているが、それらも18世紀中ごろまでには全て絶えた様である。エクリプス自身はヘロド-ハイフライヤー親子の活躍の前に一度もチャンピオンサイア－になれなかったが、19世紀にタッチストンやストックウェルが出て父系を拡大し続けた。19世紀末には傍系のキングファーガスの子孫から史上最も強力な種牡馬であるセントサイモンが出ており、このころまでにはサラブレッドの父系において支配的な勢力を確立した。現在前述のストックウェルの子孫、ベンドアからファラリスを経てネアルコ又はネイティヴダンサーに至る父系が多く、エクリプス系内でもこれらのファラリス以外の父系に属する馬はかなり珍しくなっている。18世紀中ごろにマッチェムが出たが、ヘロドやエクリプスの時代には既に支配的な地位を失っており、その後も拡大することは無かった。20世紀では、ハリーオンやマンノウォーの父系が伸び、前者は21世紀現在勢力を失っているが、後者からリローンチを経た系統がアメリカで強く、ティズナウなどの種牡馬が多数活動している。ヨーロッパでもマンノウォーからノウンファクトを経た系統あり、ドリームアヘッドなどの人気種牡馬がいる。三大始祖の中で最小の勢力である。三大始祖が成立したころは、ヘロド-ハイフライヤー-サーピーターティーズルの父子孫が1777年から1809年までの33年間に31回も首位種牡馬となった様に圧倒的であったが、現在は衰退著しい。日本、南米、アメリカ合衆国、オーストラリアの競馬場でこの系統に属す馬を見るのは非常に稀で、トウルビヨンやザテトラークを経た数頭のマイナーな種牡馬がプライベートに供用されているのみになっている。この系統が現在も残るのはイギリスやフランスで、トウルビヨンからアホヌーラを経た系統があるが、両国でも活動しているヘロド系種牡馬の総数は既に10頭を下回っている。リンガリやドゥーナデンがある程度の産駒を残しているが情勢は極めて厳しい。三大始祖以外の馬が現在も種牡馬として活動しているとする見解も一部にはある。日本の血統研究家の中島国治は、かつてのアメリカにおいてはクォーターホースをはじめとするサラブレッド以外の品種の馬の仔が、血統を偽ってサラブレッドとして登録されていたと主張し、三大始祖以外、それもサラブレッド以外の品種の父系子孫が現在も種牡馬として活動しているという説を唱えている。そのような馬のことを中島はアメリカンダミーと呼び、近親交配を解消するための有効な手段だと主張した。なお、競走用クォーターホースはハーミットとヒムヤーの子孫が大半であり、残りも新興のファラリス系がほとんどである。基本的にエクリプス系に属していると考えてよい。

出典:wikipedia