1999年の全日本F3選手権は、1999年（平成11年）3月20日 - 21日に鈴鹿サーキットで開幕し、同年11月13日 - 14日に鈴鹿サーキットで閉幕した全10戦の1999年シーズンの全日本F3選手権である。

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