関西文化学術研究都市の中核。第一線の教授陣と最先端研究に資する充実した設備、既存の学部概念を取り払った柔軟な教育・研究体制が特徴。国家戦略「科学技術立国」を目的に、大学院に特化した研究教育機関、国立理工系大学院大学として設置。2011年4月より、情報科学研究科とバイオサイエンス研究科で従来あった複数の専攻が統合され、一専攻三領域の新体制に移行された。学生数のおよそ6割に相当する619戸があり、単身のほか夫婦用、家族用がある。家具は一部備え付けで浴室と洗濯機は共用である。研究活動をサポートするために曼荼羅ネットワークの一部である学生宿舎ネットワークが各戸で利用可能となっており宿舎内からインターネットに接続できるほか、電子図書館や国内外のオンラインジャーナルにもアクセスし閲覧することができる。21世紀COEプログラムグローバルCOEプログラム日本国内では最初に全学共同利用分散コンピュータネットワークである「曼陀羅（Mandara)」の運用を開始した。同様の全学規模のプロジェクトしては、マサチューセッツ工科大学の「アテナプロジェクト」が上げられる。当時としては、最先端のグラフィックスワークステーション100台規模の学内LANによって基盤ネットワークが構築された。キャンパスベースでは、慶應義塾大学湘南キャンパスが日本最初の共同利用分散ネットワークシステムであったが、全学ベースでは、日本では最初の構築事例になっている。NAISTでなされた自然言語処理の研究およびソフトウェア開発は、多くの他のプロジェクトで使われている。例として、日本語の分かち書き解析ソフトである、ChaSenは本学の松本研究室で開発された。このソフト及びフリーソフトであるKakashiによって、日本語コーパスのデータベース化が促進され、フリーソフトであるNamazuや日立基礎研究所及び国立情報学研究所らのチームによる、連想検索システムGETA（Namazuに下駄を履かせるに由来）が開発された。その後、GETAの開発に基づき、現在の国立情報学研究所におけるWeb検索サービスが構築され現在に至る。さらに、ChaSenの後継であるMeCab、および係り受け解析器のCaboChaも松本研究室（当時）の工藤拓によって開発されたものである。またバイオサイエンスでは2012年のノーベル生理学・医学賞受賞者である山中伸弥が京都大学に移籍する前に在籍、初めて自分の研究室を持ちiPS細胞の研究を開始、人生の決定的な転機となったところである。一番弟子の高橋和利らに出会ったのもここである。山中が研究に使用した機材は今も保管されている。物質創成科学では二次元光電子分光器(DIANA)をはじめとする独自の研究成果が知られている。バブル崩壊後出来たため当初構想されていたときよりも規模が縮小された。他の研究科と同様に物理系と化学系の2専攻を設置予定であったが、縮小され1専攻2コースとなった。学長は歴代バイオサイエンス研究科と情報科学研究科からほぼ交互に選出されている。物質創成科学研究科から出ることは希である。

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