本項では、日本プロサッカーリーグ (Jリーグ) における下部組織チームについて取り扱う。Jリーグでは、ディビジョン1 (J1)ならびにディビジョン2 (J2)に参加するすべてのクラブに取得が義務づけられているクラブライセンスの交付規則「第8章競技基準」第33条において、アカデミーチーム（下部組織）の設置に関して以下のような定めがある。これに、JFA第1種登録が義務づけられるトップチームをあわせると、Jリーグに参加する各クラブは第1種から第4種までの合計4カテゴリにおいて、最低各1チームずつ保有する事が義務付けられている、ということになる。この規定については、クラブライセンス交付規則第33条に於いて「質の高いアカデミープログラムを構築すること」等を目的として定められている。また、Jリーグ規約第21条には、「Jクラブはホームタウンにおいて、地域社会と一体となったクラブ作り（社会貢献活動を含む）を行い、サッカーをはじめとするスポーツの普及および振興に努めなければならない。」との明記があり、その目的を達するために下部組織チーム・スクール・クリニックを保有するクラブや、サッカー以外のスポーツチームを保有したり、支援事業を行うクラブも存在する。第1種 (18歳以上の男子) においては、Jリーグ規約第40条第3項に「第1項第1号から第6号までの試合 は、クラブにおける最高水準の競技力を保持するチーム（以下「トップチーム」という）に限り参加できるものとする。」という記述がある のみで、トップチーム以外のチームの編成を行うかどうかについては各クラブに任されている。一部のクラブではトップチームとは別にチームを設立し、Jリーグ以外のリーグに所属して活動するクラブもある。第1種の選手が所属する下部組織には、大きく分けて、トップチームでプレーする選手を育成する性格を有するチームと、トップチームのプロ化に伴いトップチームへ参加しなかったアマチュア資格の選手の受け皿となったチームの2通りがある。当初はこれらセカンドチームとトップとで選手の昇降格は容易であったが、2010年の規定改定により昇降格は2チーム間の移籍として扱われ年2回の登録ウインドー時でしか認められなくなったことなど制約が入るようになった。のち2013年から若手の出場機会を増やすため育成型期限付き移籍制度が導入され、18歳から23歳までの選手に限れば登録ウインドーの制約なく移籍が可能となったため、セカンドチームとの昇降格は年齢制限はあるが元に戻った形となった。また、Jリーグでは2009年以後、Jサテライトリーグが廃止され、若手選手の出場機会が減っていることを受けて、2014年・2015年にJ3リーグに参加したJリーグ・アンダー22選抜（J2リーグ以上に加盟しているチームに登録する22歳以下の選手を対象とする選抜軍）とは別に、2016年よりFC東京・ガンバ大阪・セレッソ大阪の3クラブのセカンドチームがJ3リーグに参加する。また、同年よりJサテライトリーグも復活しJ1から9クラブが参加。保有数の規定はない が、ユース世代の大会の充実もあって「ユース」「U-18」として1チームのみを保有するクラブが大半。その一方で、アルビレックス新潟はクラブ直属のユースチーム (アルビレックス新潟ユース) の他、JAPANサッカーカレッジ高等部が「アルビレックス新潟と連携した育成組織」であると明言している。クラブに直属するジュニアユースチームの他、サッカースクールの形態で運営されているチームも存在する。Jリーグに所属しない他のクラブの下部組織チームを、自クラブの下部組織として認定しているものもある。例として柏レイソルがホームタウンの柏市など東葛地域を中心とした周辺自治体の少年サッカーチームを認定育成機関「レイソルアライアンスアカデミー&アライアンスクラブ」と位置付けて活動しているほか、ジュビロ磐田の下部組織ASCジュビロ沼津 (運営元: アスルクラロ沼津、2012年度活動終了予定）や、かつて横浜FCが2001年から2006年までの5年間下部組織としていた横浜FC金沢ジュニアユース（運営元: 金沢サッカークラブ、現金沢サッカークラブジュニアユース）がある。その他、サンフレッチェ広島F.Cの下部組織であった「サンフレッチェ愛媛」を吸収した 形で発足させた愛媛FCの下部組織のような例もある。2000年、第3種においても女子選手の大会出場が可能になり、ジュニアユースチームにおいても女子選手が加入するケースが見られるようになった。AFC U-19女子選手権2011に日本代表選手で出場した選手のひとりは大阪狭山市内の女子サッカークラブとガンバ大阪堺ジュニアユースの両方に在籍した経歴を持つ 他、2012年にはロアッソ熊本ジュニアユースが2名の女子選手を入団させた。前述の通り各Jリーグ所属クラブは最低1チーム以上第4種チームの保有が義務付けられているが、クラブが直接運営するジュニアチームを保有せず、サッカースクールを設置する事で代替としているクラブも少なからず存在する。湘南ベルマーレは2010年にジュニアチームを廃止し、スクールのみを置く方針に転換した。　第4種においては男子選手と女子選手が同じチームでプレーする事が可能であるため、しばしば、これらのクラブにおいても女子選手がセレクションに合格し加入する事がある。湘南ベルマーレジュニアおよびヴェルディジュニア在籍歴のある岸川奈津希 や、川崎フロンターレジュニア在籍歴のある宇津木瑠美のように、これらのクラブを経て女子チームに入団した選手もある。1981年、読売サッカークラブ (東京Vの前身) により読売サッカークラブ女子・ベレーザが設立された。同クラブは1989年の日本女子サッカーリーグ設立に参加し、2011年現在に至るまで一貫して同リーグで活動しているクラブのひとつである。1986年、ヤマハ発動機サッカー部 (ジュビロ磐田の前身) が女子選手向けのサッカースクールを設立、後このスクールはクラブチーム化しジュビロ磐田レディースとなった。ジュビロ磐田はまた、本田技研工業フットボールクラブ（Honda FC）が2005年に女子チームを廃止した際、Hondaよりクラブを移管され自らの下部組織チームヤマハジュビロレディースとした。ジュビロ磐田レディースが小学生から高校生までを対象とし、ヤマハジュビロレディースが社会人を対象とする。1992年にはジェフユナイテッド市原レディースが設立され、2000年に日本女子サッカーリーグに参入。2002年にはアルビレックス新潟レディースが、2005年にはさいたまレイナスFCを浦和レッドダイヤモンズが傘下とし浦和レッドダイヤモンズ・レディースが誕生した。ジェフユナイテッド市原は後に、トップチームからレディースサッカー (主として30歳以上の女性を対象とするサッカー) 部門が分離、レディースサッカー部門はジェフユナイテッド市原ミセスとなった。2000年代以降の新規設立は、年齢制限のあるクラブの設立が増えており、2009年のザスパクサツ群馬レディース（旧称：ザスパ草津レディース）、2007年の栃木SCブランカ (県内の女子サッカークラブ、ブランカフットボールクラブの吸収合併)、2010年のセレッソ大阪レディースU-15が18歳以下の選手を対象としている。クラブが直接運営する障害者サッカーチームを保有するのは、2011年現在では横浜F・マリノスのみである。2002年、日本にてINAS-FID世界選手権が開催された際に、同クラブ職員であった木村浩吉が同大会に出場する日本代表チームに携わった事が縁となり、2年後の2004年、知的障害者サッカーを専門とする下部組織チーム横浜F・マリノスFUTUROが設立された。ガンバ大阪は障害者サッカーチームを保有していないものの、大阪府内の精神障害者サッカークラブのイタリア遠征を支援している。またアビスパ福岡は、福岡圏内のブラインドサッカークラブ、ラッキーストライカーズ福岡に指導者を派遣している。FC東京と東京ヴェルディの2クラブはバレーボールチームを保有している。FC東京バレーボールチームは、サッカーチーム同様東京ガスの社内活動チームとしてスタートし、2003年4月、現在の組織に移行した。東京ヴェルディバレーボールチームは、2001年に東京教員バレーボールクラブを改組・結成して誕生した。独立採算制度を採っており、トップチームとの経済的なつながりはない。モンテディオ山形を2013年まで運営していた山形県スポーツ振興21世紀協会は1999年、スポーツ山形21 女子駅伝を設立した。所属選手は単独で大会に出場する他、駅伝大会にはチームで出場している。また皇后盃全国都道府県対抗女子駅伝競走大会には所属選手が山形県代表チームに参加する形で出場しており、2004年度の第22回大会では総合4位の成績を修めた。東京ヴェルディは2003年、トライアスロン部門である東京ヴェルディトライアスロンセッションを設立した。

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