木曜ミステリー（もくようミステリー）は、テレビ朝日系列フルネット24局において、1999年1月から毎週木曜日20:00 - 20:54（JST）に放送されている、テレビ朝日と東映が製作するテレビドラマの枠である。それまで同時間帯で時代劇を製作していた東映京都撮影所が時代劇から転換し1999年1月14日より始まった現代劇枠である。「ミステリー」の名称通り推理ドラマ色が強く、時代劇枠だった時代や当枠と同じく東映制作・テレビ朝日放映である水曜21時台の刑事ドラマ枠と同様、固定された長期シリーズ作品を3カ月や半年で区切って交互に放送する体制を基本としている。東映京都制作であることから、原則として京都を舞台とした作品が多い。しかし、舞台は京都でもセリフは京言葉でなく標準語が使われている。また、水曜21時刑事ドラマ枠と異なり、主人公の職業は警察署員でも刑事以外の役職や警察以外の職業であるケースが多い。初期はコメディ色の強いエピソードも多かったが、次第に薄くなっている。2014年7月から9月までは『信長のシェフ (第2シリーズ)』（第2シリーズ）を放送し、「木曜ミステリー」枠は一旦休止された。開始当初は20:00 - 20:54（JST、以下略）に放送していた。1999年7月から2000年3月までの9カ月間は関東地方のみ19:59 - 20:54の放送で、1分間放送が長かった。2000年4月から9月までは『ニュースステーション』が21:54からのフライングスタートに伴い、ネット局全局でそれまでより6分早まった19:54 - 20:48に放送されていたこともあったが、同年10月から再度20:00 - 20:54に戻った。なお2012年10月 - 2013年6月の間、回によってはテレビ朝日ほか一部系列局において通常より2分繰り上げて19:58開始とすることがあった（その他のテレビ朝日系列局では通常通り20:00からの放送）が、2013年7月以降、テレビ朝日ほか一部系列局において通常編成時には従前より2分繰り上げ・拡大の19:58開始に変更した（その他のテレビ朝日系列局では変わらず20:00から）。2015年4月よりフライングスタートを廃止し、全ネット局で20:00開始（フルネット局では2分短縮）に変更された。2003年10月期には「開局45周年記念」として京都以外が舞台となる『西部警察2003』が全10回で放送予定だったが、ロケ先の名古屋での撮影中の事故により制作および放送が中止となり、急遽2004年1月期からスタート予定であった『新・京都迷宮案内』が繰り上がった。また、この影響で2004年に放送された『異議あり!女弁護士大岡法江』は東京が舞台となった。2006年1月5日に新春サスペンス特別企画として、『黒いバッグの女』が放送された。「月刊ドラマ」誌2006年1月号に掲載された脚本の西岡琢也の言によれば、長年、連続ドラマ『京都迷宮案内』を手掛けてきたご褒美に何か一つ、自由に書いていいと言われて企画がはじまったドラマだという。この出演者には、橋爪功や名取裕子など、歴代作品の主役や準主役級が出演し、設定上にも「京都日報」などが登場した。なお、「京都日報」は木曜ミステリーにおいて新聞が小道具として使用されるシーンに頻出し、主人公の購読紙となっている作品（新・科捜研の女シリーズなど）もある。2010年4月22日放送分からのジャンクションは直前番組『いきなり!黄金伝説。』の出演者（ココリコほか）が「『黄金伝説。』の後は『木曜ミステリー、○○』!」と言う演出になった。また、直後番組『木曜ドラマ』へのジャンクションは主演者が「『○○』の後は、『木曜ドラマ、○○』」と言ってから行う（こちらも『木曜ドラマ』を省く場合もあり）。日本テレビ系『ぐるぐるナインティナイン』のコーナー『グルメチキンレース・ゴチになります!』にレギュラー出演していた船越英一郎は2009年4月に同番組が木曜20時台へ移動した際、木曜ミステリーの主演シリーズを優先するため同年4月9日の放送をもって出演を休止。その後12月24日の放送で再出演した際に準会員（不定期のゲスト格）となった。なお、翌2010年はナインティナインの岡村隆史が病気療養中だったときに岡村の代理として出演している。初回や最終回を中心に別のシリーズ作品の主人公が役柄そのままにゲスト出演することがある（例：『京都迷宮案内シリーズ』の杉浦が『京都地検の女』に登場し、逆に『京都地検の女』鶴丸が『京都迷宮案内シリーズ』に登場する）。基本は同じ木曜ミステリー枠内のシリーズが対象だが、2016年1月14日放送の『科捜研の女』で同番組の直後に当日スタートする『スペシャリスト』の宅間善人（草彅剛）が役柄そのままに登場している。視聴率傾向は定番シリーズを中心に10 - 15%あたりで安定している。2013年3月現在、視聴率15%以上を取った放送回は下表のとおりで、上位4位までは全て『科捜研の女』、上位10位中でも6回は『科捜研の女』である。また上位10位のうち、6回が初回、最終回、特番など2時間拡大スペシャルでの放送回となっている。作品シリーズ別での内訳は、『科捜研の女』が15回、『おみやさん』と『京都迷宮案内』が各5回、『京都地検の女』が2回、『その男・副署長』が1回。この枠は違う番組でも同じスタッフが登板することがよくあり、この枠の独特の色をつくっていると言える。

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