第48回全日本大学サッカー選手権大会は1999年11月13日から11月23日にかけて開催された全日本大学サッカー選手権大会である。国士舘大学が2年連続4回目の優勝を果たした。9地域の代表15校と総理大臣杯全日本大学サッカートーナメント優勝校が参加した。

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