甲賀流（こうかりゅう）とは、近江国甲賀の地に伝わっていた忍術流派の総称。山を一つ隔てた場所に存在する伊賀流と並び、最も有名な忍術の一派として知られる。甲賀流伊賀流ともに伝系に関しては仮託の説が多く信用できるものはあまりない。なお、「甲賀流」という名称の単一の流派は存在せず、あくまで甲賀に伝わる複数の流派があわさって甲賀流と呼ばれているにすぎない。甲賀は「こうか」と読むが、「こうが」と誤った読み方をされる事も多い。今の滋賀県甲賀市（こうかし）、湖南市にあった。普段は農業をしたり、行商をしたりして各地の情報を探る一方、指令が下ると戦場やその後方へ出向き、工作活動に励んだ。手妻に優れると評され、忍術の流派の中でも薬の扱いに長けており、その名残として甲賀には今も製薬会社が多い。甲賀は六角氏の傘下に属しながらも「惣」（そう）を形成し、郡に関わる全ての案件を多数決によって決定（合議制）・運営するなどしていた。これはこの時期では全国的に見てもきわめて珍しいことである。戦国期の甲賀は小領主達が同名中という一族集団を形成していた。独立性が高かったために六角氏の支配が十分に及ばなかった。織田信長が台頭して来るとそれら甲賀の侍衆たちは甲賀郡を単位とした連合体を結成する。それが甲賀郡中惣である。室町時代後期、観音寺城に本拠を構える近江佐々木六角氏が着々と力を蓄え、室町幕府の命令を軽視あるいは無視し始めたことから、1487年に将軍足利義尚がこれを征討するために軍を発し、六角勢との間に戦いが行われた。これを「鈎の陣」という。　義尚が諸国の大名を動員して六角氏の本拠観音寺城に迫ると、六角久頼・高頼父子は直接対決を避けて甲賀城に移動した。そこで義尚は本陣を栗太郡に位置する鈎の安養寺へ移し、甲賀城を攻めてこれを落城させるのだが、脱出した六角父子は配下の甲賀武士達に命じ、山中でゲリラ戦を展開して頑強に抵抗した。甲賀武士達は山中でその地の利を生かしてさまざまな奇襲をかけ、また時には夜陰に義尚の本陣に迫って火や煙を放つなど、さんざん幕府軍を苦しめたという。そのためなかなか決着はつかず、1489年には義尚が陣中に没したため、足かけ3年にわたった戦いは終結、六角氏は生き残った。そして、この戦いに参加した五十三家の地侍達を「甲賀五十三家」と呼び、さらに五十三家の中で六角氏より感状を貰い重きを置かれた家を「甲賀二十一家」と称される。甲賀の侍衆は六角氏と行動を共にして大きな打撃を受けたたらしく、織田信長の支配下に入ることになる。天正13年羽柴秀吉によって甲賀の侍衆は改易処分となった。甲賀は秀吉の家臣中村一氏の支配となる。これにより甲賀の元侍衆たちは一部武士身分化した者もあったが、多くは百姓身分化した。彼らは百姓になった後も、かつて武士だった誇りを捨てることが出来ず、甲賀古士と自称する。江戸時代に入り、地域の支配者としての地位を失って困窮しはじめ、寛文から元禄頃江戸幕府へ武士身分の獲得を目指して嘆願運動を行う。前述の「甲賀五十三家」「甲賀二十一家」の語も、初出は寛文2年（1667年）に甲賀古士が作成して幕府に提出した「乍恐以訴状言上仕候（おそれながらそじょうをもってごんじょうつかまつりそうろう）」であり、あくまで江戸時代に入ってから作られた用語である。「乍恐以訴状言上仕候」などで甲賀古士たちは、彼らの先祖が徳川家康や幕府に仕えて貢献したとする由緒を主張し、これが後世「甲賀忍者」のイメージの原型となる。この訴願は幕府に認められず、100年余り訴願は中断する。この間に従来の地域社会が変化して本家と分家の主導権争いがおこり、寛政期の訴願にも反映される。寛政期の嘆願では、寺社奉行に自分たちが忍術を伝えていると繰り返し主張し、忍術書『萬川集海』を提出した。この行動が、江戸時代社会に「甲賀忍者」の存在を広く知らしめることになった。幕末になると甲賀古士たちはかつての栄光を取り戻すために佐幕から倒幕へ転じ、甲賀隊を結成して小松宮彰仁親王のもとで戊辰戦争に参加する。当初実戦を知らない隊士たちは訓練に悲鳴をあげたが、甲賀古士としての誇りをかけて訓練を重ね、庄内藩と戦った関川の戦いでは他の諸隊から賞賛されるほど活躍した。しかし、隊員たちは出兵の経済的負担で困窮し、多くは平民となって士族にはなれなかった。更に明治政府が士族の特権を段階的に解体し、武士という身分が過去のものになると、武士になろうとした甲賀古士としての意識も失われていくことになった。忍術屋敷の建造は、一見普通の農家だが、内部には縄梯子・落とし穴・回転戸・地下道などが仕掛けられている。甲賀市甲南町竜法師2331番地に、甲賀五十三家の筆頭格であった望月出雲守の元禄年間建築の旧居が甲賀流忍術屋敷として残る。また滋賀県甲賀市甲賀町隠岐に、『萬川集海』の翻訳者であり研究家である柚木俊一郎によって、1983年に開園した甲賀の里忍術村があり、村内に萬川集海の著者として知られる藤林保武の一族の家を移築したからくり屋敷や甲賀忍術博物館などの資料館が点在する。

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