1972年5月に国立三重大学に併合された。学制改革に際し、旧制三重県立医科大学 （および前身の旧制三重県立医学専門学校） を母体とする医学部 （実際の発足は1952年） と、旧制私立三重水産専門学校の教職員が中心となって設立した水産学部とをもって発足した。水産学部は公立大学唯一の存在で、医学部は四日市ぜんそくの研究で業績があったが、三重県の財政は厳しく、国立大学に比して研究費が乏しい等の問題を抱えていた。1955年に就任した県知事 田中覚のもとで国立移管が進められ、1968年頃から校舎を国立三重大学の隣接地 （元・三重大学農学部上浜農場） に移転し、1972年に三重大学医学部・水産学部 （現・生物資源学部） となった。開学当初は、前身の旧制県立医大から引き継いだ津市大谷町11番地の校舎を使用した。1959年4月に大学本部・医学部は津市鳥居町 （附属病院隣接地） に移転し、大谷校地は水産学部専用となった。県立大学の国立移管が具体化するに従い、国立三重大学の隣接地に移転することになり、1969年1月に水産学部が津市江戸橋3丁目 （元・三重大学農学部上浜農場） に移転。次いで医学部も1970年12月に江戸橋2丁目 （同） に移転した。江戸橋 （上浜） 校地は三重大学医学部・水産学部 （現・生物資源学部） に引き継がれ、現在の上浜キャンパスの一部となっている。水産学部の旧大谷校地は、現在は三重県立美術館東の広場となっている。同校地に1951年頃に建設された旧図書館 （アントニン・レーモンド設計） は江戸橋校地に移設され、水産学部食堂や倉庫として利用された。現在は 「レーモンドホール」 と命名され、登録有形文化財として保存されている。医学部の旧鳥居町校地は県立准看護婦学校に使用され、後身の三重県立看護短期大学に引き継がれた。看護短大は 4年制化して三重県立看護大学となり、津市夢が丘に移転した。現在、鳥居町の旧校地には、三重県リサイクルセンター・三重県鳥居会館などが設置されている。附属病院は、旧制県立医大から引き継いだ附属病院本院 （津市栄町、旧・津市立病院、現・三重県警本部付近）、附属病院高茶屋分院 （津市高茶屋小森上野、元・津海軍工廠共済病院）、附属塩浜病院 （四日市市、元・海軍燃料廠附属病院） の 3病院に分かれていた。1962年6月に高茶屋分院を廃止し、本院に統合。1972年5月の三重大学医学部発足後、1973年3月に本院は津市江戸橋の医学部校地に新築移転し、同年10月に三重大学医学部附属病院となった。塩浜病院は津市から離れているため国立移管を断念し、県立病院に復帰した （後に塩浜から移転し、現・三重県立総合医療センター）。各書籍の詳細は、#関連書籍を参照のこと。

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