1919年4月1日にヴィルヘルム・シュテルンらによって設立された。ナチスの台頭によって支配され、ユダヤ系だったシュテルンら創業者はオランダに逃れ、ついでに米国に移住した。終戦以降も、ハンブルク大学は今日にいたるまで存続し、発展した。ハンブルクの中心部であるロッターバウム（）にキャンパスがある。2008年以降、6学部あわせて22の学科と研究センターを持つ。

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