長崎県長崎市日見地区にキャンパスがあり、「長崎総合科学大学附属高等学校（普通科）」が隣接する。キャンパスは山側にグリーンヒルキャンパス(大学本部)、海側にシーサイドキャンパス（附属高等学校や総合グランド、新技術創成研究所学術フロンティアセンター）がある。シーサイドキャンパス高校校舎は、旧長崎水族館を改築したもので長崎市「都市景観賞」を受賞している。1943年開校した川南造船専門学校が前身で、長崎造船短期大学を経て1965年長崎県内初めての私立大学として長崎造船大学が設置され、1978 年公募により総合科学」を冠した現在の校名に変更された。原子爆弾が落とされた町にあるということから、科学の平和利用を目的とした「長崎平和文化研究所」が早くから設立されている。　　　　　　　　　　　 5月　- 集団赤痢が発生する 2学部（2014年（平成26年）4月時点）3学部（2013年（平成25年）3月まで）文部科学省 　学術フロンティア推進事業　2003〜2007　採択課題『環境エネルギーの創成と高度利用技術に関する研究』　　研究テーマ1　バイオマスのクリーンガス化基盤技術の開発　　研究テーマ2　Li電池・燃料電池・ガス吸蔵用高機能ナノカーボン開発　　研究テーマ3　高度システム応用技術の開発「予防在宅・医療システムの開発と検証」「次世代グリーンエネルギーデバイスのシミュレーションモデル化と学内マイクログリッドを用いた評価・検証試験」　熟練技能継承のための教育シミュレーションシステムの開発

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