2006年4月に横浜市戸塚区の横浜ドリームランド跡地に開学した。都築学園グループが設置する薬科大学としては3校目に当たり、学校法人都築第一学園が運営する6年制薬剤師養成単科大学であった。開学時は健康薬学科、漢方薬学科、臨床薬学科を設置。漢方薬学を基幹として講義を行う大学は珍しく、専門学科を設置している大学は横浜薬科大学薬学部漢方薬学科のみである。ノーベル物理学賞受賞者の江崎玲於奈を学長においている。2015年4月に、創薬研究者の育成を目的として薬学部薬科学科（4年制）を設置した。「個性の伸展による人生練磨」のもとに、より豊かに、より高く、創造的に自己を完成させることを目指した生き方を推進する人材を育成する。また人の苦しみが分かる「惻隠の心」をもち、人間性、倫理観ならびに国際感覚を兼ね備えた医療人を世に送り出す。　　　　　　　　それに伴い、英称を「Yokohama College of Pharmacy」から「Yokohama University of Pharmacy」へ変更。大学は、その教育研究水準の向上に資するため、教育及び研究、組織及び運営並びに施設及び設備の状況について自ら点検及び評価を行い、その結果を公表するとともに、政令で定める期間ごと（7年以内）に、文部科学大臣の認証を受けた認証評価機関による認証評価を受けることが学校教育法により定められている。 横浜薬科大学では、認証評価制度によって高等教育機関の評価を行っている日本高等教育評価機構において平成27年度大学機関別認証評価を受審し、平成28年3月8日付で同機構が定める大学評価基準に適合していると認定された。神奈川県横浜市戸塚区俣野町601学校法人都築第一学園江崎玲於奈（ノーベル物理学賞受賞者）9時始業。部・サークルが学生有志によって立ち上げられ、活動している。

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