2004年のJリーグカップは3月27日に開幕、11月3日に国立霞ヶ丘陸上競技場で決勝戦が行われた。優勝はFC東京（初優勝）。ヤマザキナビスコを冠スポンサーとしてJリーグヤマザキナビスコカップとして開催された。2004年のJリーグカップのレギュレーションは以下の通りである。グループリーグは3月27日・4月29日・5月29日・6月5日・7月17日・24日に行われた。グループリーグの結果は以下の通りである。決勝トーナメントは準々決勝が9月4日に、準決勝が10月11日/13日に、決勝戦は11月3日に行われた。※延長戦はVゴール方式。3年連続で決勝進出を果たした前回王者の浦和と初のタイトル獲得を狙うFC東京が対戦した。この年も大勢の浦和サポーターがチケットを求めに走った結果、決勝戦のチケットは3年連続で即日完売した。試合は前半29分にFC東京のCBジャーンが浦和FWエメルソンを倒して退場となり、FC東京にとっては早々に1人少なくなるという苦しい展開となったが、浦和の攻勢を延長を含む120分間耐え抜きPK戦に持ち込んだ。PK戦では日本代表GK土肥洋一が好セーブを見せ、FC東京が初優勝を果たす。J2からスタートしたクラブがタイトルを獲得したのはFC東京が初めてであった。

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