水産工学研究所（すいさんこうがくけんきゅうじょ）は、国立研究開発法人水産研究・教育機構の研究所の一つ。水産業における漁場整備や生産手段の省力化を図るための工学研究を実施する研究所である。漁業調査船たか丸を擁する。略称は水工研。以下の3部構成となっている。

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