『劇場版ポケットモンスターアドバンスジェネレーション ポケモンレンジャーと蒼海の王子 マナフィ』（げきじょうばんポケットモンスターアドバンスジェネレーション ポケモンレンジャーとうみのおうじ マナフィ）は、2006年7月15日から公開されたテレビアニメ『ポケットモンスター』の劇場版第9作である。アドバンスジェネレーションとしては最後の作品となる。興行収入34億円。前売り券には『ポケモンレンジャー』で遊べる極秘ミッション（Wミッション）の引換券がついており、それをクリアするとマナフィのタマゴがもらえ、『ダイヤモンド・パール』にマナフィのタマゴを送ることができた（マナフィのタマゴが孵化するのは9月28日で、『ダイヤモンド・パール』の発売日と同じである）。DVDにも初回限定でマナフィの引換券がついている。映画の舞台となった海のモデルは、イタリアのナポリとカプリ島の海である。また、海底神殿「アクーシャ」のモデルは、ナポリやローマの遺跡群である。ポケモン映画初の韓国との同時期公開（韓国では2006年7月20日公開）。『ポケモン☆サンデー』の企画で、ロバートが元船乗りの老人3人組役として韓国語の声優に挑戦した。盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。実はマナフィの卵をファントム一味から守るため、ジャッキーが密かにマナフィと関わり深い水の民の末裔であるマリーナ一座協力の下、ピエロとして隠れながらマナフィの卵を育てていたのである。ハルカは不思議なポケモンの卵に興味を示すものの、マリーナ一座はこれを隠そうとする。しかしある晩、マナフィの卵の不思議な力により、ハルカはかつて水の民がポケモンとの親交を深めるために建造した海底神殿、「アクーシャ」へと導くことを運命付けられたまだ見ぬマナフィの不思議な夢を見る。この神殿に不思議な感覚を覚えたハルカはこれをマリーナ一座に話したところ、衝撃の事実を知らされる。ポケモンと心を通わすことのできる水の民が誰でも1度は見るというこの夢にまつわる言い伝えを聞かされたハルカは、自らとマナフィの運命付けられた不思議なつながりに心をときめかせるのだった。詳細は個別記事かアニメ版ポケットモンスターの登場人物を参照。一部のポケモンはCGになっている。本作にはオープニングが存在しない（当時のアニメOPテーマだった「スパート!」の男声アカペラコーラスバージョンが劇中に挿入されている）。『月刊コロコロコミック』に漫画版が掲載された。作画は溝渕誠。

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