五稜郭機関区（ごりょうかくきかんく）は、北海道函館市昭和4丁目43-1にある日本貨物鉄道（JR貨物）の車両基地および乗務員基地である。函館本線五稜郭駅構内の北端に位置し、北海道旅客鉄道（JR北海道）函館運輸所青函派出所に隣接している。付近にはかつて五稜郭操車場があった。左側には「五」の札が、右側には「貨」の札がそれぞれ差される。配置は2016年（平成28年）3月1日現在、運用範囲は同年3月26日改正時。当区は国鉄時代の1973年（昭和48年）以来ディーゼル機関車専門の機関区として機能していた。1989年（平成元年）から電気機関車も配置されるようになったが、電気機関車用の検修設備は設置されず、隣接するJR北海道函館運輸所青函派出所（2002年（平成14年）6月までは青函運転所）に検査・留置を委託している。1999年（平成11年）4月以降は、JR貨物の車両基地集約により当区配置のディーゼル機関車は全機鷲別機関区へ転出したが、函館地区で折り返すディーゼル機関車への給油・仕業検査は引き続き実施している。

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