メソジスト教会系の大学である。「小さな大学だからできること」をキーワードに学生一人一人を大事にする「めんどうみのいい大学」として知られる。大学の名称「ウエスレヤン」は、メソジスト教会の創始者であるジョン・ウェスレー（John Wesley、1703年6月28日 - 1791年3月2日）に由来する。ウェスレーはオックスフォード大学で神学を学び、産業革命前後のイギリスにおいて、キリスト教に基づく信仰覚醒運動・メソジズムを指導した。ウェスレーの教えのもと、メソジスト教会は世界各地に宣教師を派遣し、学校を建設した。長崎ウエスレヤン大学は、教育理念として「地域と世界をつなぐ地球市民」の育成を掲げている。教員として、長崎県の臨床心理士の第一人者金原俊輔や日本の離島研究の第一人者で宮本常一の最後の弟子鈴木勇次、災害精神医学の権威である荒木憲一、日本解放社会学会会長で見田宗介門下の亘明志などが在籍している。学校法人鎮西学院が長崎ウエスレヤン短期大学をもとに2002年に設置した。

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