2006年のJリーグは、J1リーグ、J2リーグ共に3月4日に開幕。12月2日に閉幕した、J1リーグでの優勝は浦和レッドダイヤモンズ、J2リーグでの優勝は横浜FCであった。2006年シーズンのJ1は、J2から昇格した京都パープルサンガ、アビスパ福岡、ヴァンフォーレ甲府を加えた18クラブにより行われた。2006年シーズンのJ2リーグのクラブは、J1から降格した柏レイソル、東京ヴェルディ1969、ヴィッセル神戸の3クラブと、日本フットボールリーグから昇格した愛媛FCを加えた13クラブにより行われた。J1リーグ17位のセレッソ大阪、18位の京都パープルサンガがJ2へ自動降格した。J2リーグ優勝の横浜FC、2位の柏レイソルがJ1へ自動昇格した。J1リーグ16位のアビスパ福岡とJ2リーグ3位のヴィッセル神戸がJ1・J2入れ替え戦に臨んだ。このシーズンから入れ替え戦にアウェーゴール・ルールが導入された。合計スコアが1-1となったがアウェーゴール・ルールにより、ヴィッセル神戸のJ1昇格、アビスパ福岡のJ2降格が決定した。

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