軍令部（ぐんれいぶ）は、日本海軍の中央統括機関（海軍省と共同で行う）である。海軍省が内閣に従属し軍政・人事を担当するのに対し、軍令部は天皇に直属し、その統帥を輔翼（ほよく）する立場から、海軍全体の作戦・指揮を統括する。長たるものは軍令部長（後に軍令部総長）であり、天皇によって海軍大将又は海軍中将が任命される。また、次長は総長を補佐する。この二官は御前会議の構成員でもある。軍令部は主として作戦立案、用兵の運用を行う。また、戦時は連合艦隊司令長官が海軍の指揮・展開を行うが、作戦目標は軍令部が立案する。設置当初、政府上層部は陸軍を尊重していたため、戦時大本営条例に基づき、大本営では本来陸軍の軍令機関であるはずの参謀本部の長官である参謀総長が天皇に対して帝国全軍の作戦用兵の責任を負うこととされた。これに対して海軍では一貫して陸軍と対等の地位を要求し続けた。そして日露戦争の直前に、山本権兵衛海軍大臣から海軍軍令部条例を改め、名称を「参謀本部」にしたい（すなわち陸海軍の参謀本部を同格にしたい）と上奏を受けた明治天皇は、1903年（明治36年）9月12日にこの件を元帥府に諮ることを命じた。しかし元帥府はこの上奏を受け入れず、10月21日明治天皇は徳大寺実則侍従長を通じて山縣有朋元帥陸軍大将に再考を促した。結局、陸軍が折れ、戦時大本営条例が改定された（しかし軍令部の改名は受け入れられなかった）。これにより、海軍軍令部長は参謀総長と対等の立場で作戦用兵に責任を負うこととなった。さらに伏見宮博恭王軍令部長の時には軍令部の位置づけが強化され、海軍の独立性がより高められた。しかし、組織的には陸軍の方が圧倒的に大きく、海軍は常に陸軍への吸収と隣り合わせだった。実際、近衛首相の時には日米開戦を避けるために「アメリカ海軍に勝てない」と海軍に告白させようと圧力がかけられ、海軍の存在意義が問われる事態に陥ったことがあった。これに苦慮した海軍省は「海軍は無敵である」と盛んに宣伝し、海軍の存在意義を保とうとするが、軍令部はこれに困惑した。また、太平洋戦争（当時の呼称：大東亜戦争）中、権力の集中を図るため東條首相の命で、嶋田繁太郎海軍大臣が軍令部総長を兼任した際には、海軍内部で大きな反発が起きたほか、戦力強化のため陸軍からたびたびも統合案が持ち出されたが、統帥権を盾に統合を阻んだ。海軍の独立が確保できなければ終戦工作はより困難なものになっていたのではないかと、海軍反省会では指摘されている。作戦指導の面では連合艦隊司令部に引きずられることが多く、「連合艦隊司令部東京出張所」と揶揄されることもあった。真珠湾攻撃・マレー沖海戦による太平洋戦争（大東亜戦争）の開戦から敗戦に至るまでについての内幕や反省点については、開戦時に一部一課で作戦を担当した佐薙毅をはじめとした部員達の証言が、海軍反省会に残されている。1893年（明治26年）5月の海軍軍令部発足時の組織は次の通りであった。　　第一課（作戦・編成）　　第二課（教育・演習）　　第三課（軍備・兵器）　　第四課（出動・動員）　　第五課（米大陸情報）　　第六課（中国情報）　　　第七課（ソ欧情報）　　　第八課（英欧情報）　　第九課（通信計画）　　　第十課（暗号）海軍軍令部の長は以下のとおり1945年（昭和20年）8月、軍令部戦史部勤務の島田俊彦は、疎開先の山中湖畔（現在の山梨県南都留郡山中湖村）のニューグランドホテルで機密書類の焼却を命じられ、いくらかの日中関係資料を残して全てを焼却したと書いている。命令は海軍大臣から出され、当時の戦史部の部長は長井純隆大佐であった。

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