E型エンジン（Eがたエンジン）は、本田技研工業で製造されている軽自動車及び初代インサイト用の直列3気筒ガソリンエンジンである。直列2気筒EH型の後継エンジンとして登場した。D型エンジンを小さくしたような構造を持ち、初代トゥデイに初めて搭載された際は「HYPER 12VALVE ENGINE」と呼ばれていた。吸・排気バルブを2個ずつ設け、タイミングベルトで駆動されるカムシャフトによりロッカーアームを介し開閉される。点火プラグは燃焼室の天井中央部に取付けられているが、カムシャフトを避けるために上側を吸気バルブ側に傾けている。3連シリンダーボアのアルミダイカスト製シリンダーブロック採用に加え、カムカバーやオイルパンもアルミ製のものが使われた。キャブレター（サイドドラフト，可変ベンチュリ型）仕様とPGM-FI仕様の2種類が設定され、キャブレター仕様には空燃比をより精密に制御するための2次エアが導入されている（PGM-CARB.：電子制御キャブレター）。PGM-FI仕様はインテークマニホールドの各気筒のポートにインジェクターが取付けられたマルチポイント式ではあるが、コスト削減の為に同時噴射方式（3気筒同時に燃料を噴射）が用いられた。排気ガス浄化は三元触媒により行なわれている。なお、当初は排出ガス規制値の関係で当初乗用車にのみ装着されていたが、その後の法改正に伴い商用車にも適用が拡大されていった。NAエンジンでの高出力化を実現するために、大容量吸気チャンバー下流の各気筒のインマニに独立したスロットルバルブを設けている。空燃比をスロットル開度とエンジン回転数により制御（θTH-Ne）し、鋭いスロットルレスポンスを実現し、アイドリング時はインマニ負圧とエンジン回転数により制御（Pb-Ne：Dジェトロニック）に切り替え、高いアイドル安定性を両立している。燃料噴射はシーケンシャル噴射方式を採用している。ビートに搭載された仕様では、ECUに大気圧センサーを内蔵しており、θTH-Ne制御時においても空気密度に合わせた噴射量調整を可能にしている。1998年の軽自動車規格改定に合わせ、環境性能の向上（LEV化）と低燃費を目標に改良が行われた。圧縮比の最適化やダイレクトイグニッションの採用等により燃焼の改善を図り、エンジン直後に装着された三元触媒の高性能化(高セルにより反応面積を拡大)に合わせて、空燃比制御の速度及び精度を向上させた。燃費性能については、上記燃焼改善のほか、ローラーフォロワ型ロッカーアーム採用等によるフリクションの低減や、ノッキング制御採用による低回転トルクの向上により対応された。ホンダ初のハイブリッドカーであるインサイト用に開発され、アシスト用薄型DCブラシレスモーターをトランスミッションとの間に装着するために、1.0Lの排気量であるが3気筒とし、シリンダーブロックの薄肉スリーブ構造やカムシャフトの駆動をタイミングチェーンにするなどにより、コンパクト化を図った。VTEC-Eをベースに、VTEC切り替えピンをローラーと同軸にしたローラーフォロワ型ロッカーアームや、吸・排気ロッカーアームのロッカーシャフトを一本化する等によりバルブ挟み角を30度に狭くし、強いスワールを発生させ常用回転域でのリーンバーンを可能にした。リーンバーンに対応したNO吸着型排気触媒の採用に加えて、エキゾーストマニホールドを無くしシリンダーヘッド内で隣り合う排気ポートを集合させ、排出ガスの熱損失を低減し冷間時でも早期から排気触媒の活性化を可能にした。その他、クランク軸をシリンダー軸からオフセットさせる等のフリクション低減や、インテークマニホールドやヘッドカバーの樹脂化やオイルパンのマグネシウム合金化による軽量化が行われた。キャブレター

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