プライマー ("Primer") はDNAポリメラーゼが DNA を合成する際に 3'OH を供給する役割をもつ短い核酸の断片である。DNAポリメラーゼはプライマーなしに DNA を伸長することはできない。生体内でのDNA複製では主にDNAプライマーゼによって合成される RNA 断片が用いられる。また蛋白質がその機能を果たすこともある。試験管内でのPCRに使用されるものは、化学合成した短いオリゴヌクレオチドである。その長さは通常は20塩基程度であるが、目的によってより短いことも長いこともある。増幅対象の2本鎖DNAの両鎖それぞれの3'側と相補的な配列をプライマーとして用意する。

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