内藤 頼由（ないとう よりゆき）は、信濃高遠藩の第3代藩主。高遠藩内藤家8代。宝永5年（1708年）、信濃飯山藩主（のちに武蔵岩槻藩主）・永井直敬の六男として生まれる（生年には宝永6年（1709年）1月7日説もある）。享保20年（1735年）に高遠藩の第2代藩主・内藤頼卿に実子が無かったため、末期養子として迎えられ家督を継いだ。元文4年（1739年）に大坂加番、延享3年（1746年）から安永4年（1775年）まで奏者番を務めている。藩政では財政問題のため、元文2年（1737年）12月に藩士に対して従来の金給制から俸禄制に改めた。他にも支給方法の改正などを行なっている。安永5年（1776年）、養子の頼尚に家督を譲って隠居する。安永9年（1780年）5月28日（異説として5月27日）に死去。享年73。

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