物質構造科学研究所（ぶっしつこうぞうかがくけんきゅうじょ）は、高エネルギー加速器研究機構に設置されている研究所である。大学共同利用機関となっている。総合研究大学院大学に参加している（高エネルギー加速器科学研究科物質構造科学専攻、先導科学研究科光科学専攻）。また、一部の研究室は東京大学大学院の連携講座として教育研究を行っている。

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