協和発酵キリン株式会社（きょうわはっこうキリン）は、医療用医薬品事業・バイオケミカル事業等を行う、総合バイオメーカーである。キリンホールディングスの子会社で、キリングループに属する。1937年に寳酒造・合同酒精・大日本酒類製造の共同出資によって設立された「協和化学研究所」を淵源としている。当時は軍事用としてアセトン・ブタノールやイソオクタンの必要性が高まっており、アルコール発酵の応用でアセトン・ブタノールやイソオクタンの微生物発酵による合成を研究することが主目的であった。1944年には製造プラントの稼動に漕ぎ着けたが、眠り病などの異常発酵の解決に手間取り、実際に量産体制を整えたのは終戦後の1948年にまでずれ込んだ。その後戦時中の被害からの企業再整備に伴い、1949年に現在の会社を設立。加藤辨三郎が初代社長に就任し、発酵技術を基盤としてペニシリンやストレプトマイシンなどの医薬品製造や焼酎をはじめとした醸造業として再出発した。1955年には合成清酒「利久」の醸造元だった利久発酵工業（理化学興業（株）、理研酒工業）を、1960年には「ダイヤ焼酎」などの醸造元だった日本酒類（大日本酒類製造の後身）をそれぞれ吸収合併して酒類事業を拡大させる一方で、飼料や食品添加物、化学品への製造・販売にも進出した。2000年以降は事業再編を精力的に行った。2002年9月に酒類部門をアサヒビールと合弁・分社化した「アサヒ協和酒類製造」に移行し、なお且つ酒類製造子会社であったサントネージュワイン（山梨県）、ほか2社の所有株式全てをアサヒビールへ譲渡。その後、2005年にアサヒビールとの合弁を解消し、現在はアサヒビールの子会社のニッカウヰスキーが協和醱酵工業が製造発売していた焼酎（大五郎、かのか、玄海）・ワインの製造を引き継いでいる（アサヒ協和酒類製造は2006年1月1日付けでニッカウヰスキーと合併した）。フリーズドライスープの「本格派・たまごスープ」などで知られる食品・調味料事業については、2005年4月1日に「協和発酵フーズ」として分社。その後、キリンビールグループとの経営統合により、2009年4月1日にキリンフードテック（旧・武田キリン食品）と統合し、キリン協和フーズが発足した。化学品部門は、化学品製造子会社である協和油化（1966年設立）と2004年に統合し、協和発酵ケミカル（現、KHネオケム）となった。2007年10月、キリングループとの戦略的提携（キリン傘下入り）を発表。まずキリンホールディングスが友好的TOBによって協和醱酵工業株式28.49%を取得。そして2008年4月1日、協和醱酵工業がキリングループの医薬品事業会社であるキリンファーマを株式交換により完全子会社化。キリンホールディングスの株式保有比率は50.10%となり、同社の連結子会社となった。協和醱酵工業・キリンファーマ両社は、2008年10月1日に協和醱酵工業を存続会社として合併し協和発酵キリン株式会社となった。現在は、医療用医薬品が連結売上高の約75%（2012年）を占め、医薬品メーカーとなっている。また連結売上高の約23%（2012年）を占めるバイオケミカル事業では、各種のアミノ酸の発酵生産において味の素社と双璧である。うまみ調味料として用いられるグルタミン酸ナトリウムにおいては味の素社に先んじて世界で初めてその発酵技術を確立した実績がある。旧・協和醱酵工業は第一勧銀グループ（現 みずほグループ）だが、傘下入りしたキリングループは三菱グループに属するため、現在の協和発酵キリンは第一勧銀（現：みずほ銀行）色と三菱色を併せ持つ企業であるといえる。防府工場には2002年まで硬式野球部があり、都市対抗野球にも何度も出場していた（1975年の第46回大会、1991年の第62回大会、2002年の第73回大会に出場）。主なOBには津田恒実（広島）・上本達之（西武）などがいる。など。『NNN JUST NEWS』の末期（1983年10月 - ）から『NNNニュースプラス1』の途中（ - 1995年3月）までと、『THEサンデー』（1995年4月 - 1998年3月）の中期の約15年間に渡り、日本テレビ系列のニュース番組や、フジテレビ系列の『小川宏のTOP情報』、『報道2001』の提供スポンサーを務め、「カラダワンダーランド」・「自然は大きなホスピタル」をテーマにした企業CMを流し、「医薬品メーカー・協和発酵」としての知名度を上げてきた。最近では、一社提供番組の水百景（テレビ東京系列、2005年4月 - 2009年12月）や全国ネット番組のウェークアップ!ぷらす（読売テレビ制作・日本テレビ系列、不定期枠）を提供していた。2008年からは、竹内まりやの「人生の扉」をイメージソングとした企業CMが放映された（「協和発酵キリン」発足まで）。現在は、『情熱の系譜』（テレビ東京系列）でCMと番組の垣根を越えた新たな形態のコンテンツを提供している。（2010年4月5日 - ）なお、番組はYouTubeの情熱の系譜チャンネル、および番組連動HP上で番組放送と同時に視聴可能である。なお、かつてアルコール類（焼酎「SUN」、チューハイ「SUNSHOWER」、「サントネージュワイン」）を展開していた当時、在京及び在阪局に限りスポットCMを多数出稿（=放送）していたが、焼酎「大五郎」については、全国基幹地域を中心にスポットCMを出稿。それと前後して「SUN」「SUNSHOWER」など焼酎関連商品のスポットCMも北海道、宮城、静岡など基幹地域の一部で出稿していた。「SUN」については、歌手の麻倉未稀をCMキャラクターとして、1980年代末期に宇崎竜童と交代するまで比較的長きにわたり起用し続けた。2001年には新聞広告として、両方の鼻の穴にティッシュペーパーを詰めた少女が登場する花粉症治療啓蒙広告（花粉なんか、）を発表した。同広告は第69回毎日広告デザイン賞の第3部「広告主参加作品の部」の最高賞を受賞した。

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