長崎機関区（ながさききかんく）は、長崎県長崎市尾上町の長崎駅に隣接し、長崎本線・佐世保線・大村線・松浦線（現・松浦鉄道西九州線）等で運用される機関車及び気動車が配置されていた日本国有鉄道の機関区である。本稿では長崎客貨車区と統合後の長崎運転所（ながさきうんてんじょ）についても記述する。

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