ホンジュラスの地方行政区画は、18の県（departamentos）と、その下部に所属する298の市町村（municipalidades）からなる。18の県はすべて大統領から任命された知事によって治められている。知事は各地域の行政権を実行すると共に、政府と市町村との関係調整、市町村間の問題調停、各県の刑務所・監獄管理、内閣や関係省庁との連携を行なう。知事に任命される条件は、(a) 過去5年間当該県に居住、(b) ホンジュラス国籍、(c) 満年齢18歳以上、(d) 読み書きが出来ること、である。

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