福音主義キリスト教信仰に立つリベラル・アーツ・カレッジとして米国南長老教会が設立し、併設校に四国学院短期大学があった。1992年までは教員全員が信仰告白したクリスチャンであることを定めた、日本で唯一のクリスチャン条項を守っていた。。日曜日（主の日）には、教会（行事）への出席・参加を妨げないように、大学としての公の業務を避けている。現在でも毎日学内のチャペルにて、各教員や牧師がキリスト教の説教を行なう。障害を持つ学生を積極的に受け入れており、ノートテイクサービスによる講義受講支援、学内での生活を支援するアテンダントサービス等を行っている。2010年度よりシラバスに全国でも珍しいメジャー制度を導入した。大学院社会福祉学専攻は、関西以西で最も古くに設置された社会福祉大学院である。大学設立から1992年までの単科大学時代（文学部のみ）は、英語表記に「Shikoku Christian College」を用いていた。1992年に社会学部が設立され、総合大学となったことから「Shikoku Gakuin University」 に変更となる。四国学院では1991年に「四国学院建学憲章」を定めており、キリスト教への信仰に立脚した人格の尊厳や自由に基づいた研究や教育の実現を謳っている。2010年に、学院創立60周年を機に、学院＆ユニバーシティ・モットーと建学憲章の改訂を行った。。同和地区出身者の他、沖縄県出身者、在日韓国・朝鮮人、アイヌ、奄美群島出身者の特別推薦枠を設けている。理由として「根深い社会的差別のなかで大学教育を受ける権利を制限されてきた人々への格差是正処置の一つ」などと説明しているが、人権の専門家や受験生を持つ父母、そして牧師などキリスト教関係者からも「逆差別」ではないかとの疑問の声が挙がっている。なお、この枠で入学した者は同和地区出身者、沖縄県出身者、在日韓国・朝鮮人である事が明らかにされているが、人数などは公表されていない。本広克行の映画作品『サマータイムマシン・ブルース』(2005年9月公開)のメインロケ地としても知られている。代表的なロケ地として、ホワイトハウスと呼ばれる建物の一室がＳＦ研部室であり、外観とともに登場する。四国学院大学には、女子専用の紫苑寮と男子専用の向山寮がある。

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