エルンスト・ハインリッヒ・フィリップ・アウグスト・ヘッケル（, 1834年2月16日 ポツダム - 1919年8月8日 イェーナ）は、ドイツの生物学者であり、哲学者である。ドイツでチャールズ・ダーウィンの進化論を広めるのに貢献した。ヘッケルは医者であり、後に比較解剖学の教授となった。彼は心理学を生理学の一分野であると見なした最初期の人々の一人である。彼はまた、現在ではごく身近な「門」や「生態学」などの用語を提唱した。発達の非遇有性に関する関心は論述だけでなく、図解でも表現され“Kunstformen der Natur（英訳: "Art Forms of Nature"、邦訳『生物の驚異的な形』など）の美しい生物画は今日にも高く評価されている。ヘッケルはダーウィンによる「進化」という思想を支持したが、個別理論としての適者生存説は支持していない。彼自身の学説は、ラマルクの思想（ラマルキズム）である用不用説に近い。ヘッケルは「個体発生は系統発生を反復する」という「反復説」(Recapitulation theory)という独自の発生理論を唱えた。この説は、修正を受けながらも、今も、発生学の一翼を担っている。また、これに基づく動物の系統論を展開し、動物の多細胞化についてガスツレア説を提唱し、これも修正や批判を受けながらもこの分野においてほぼ主流として位置づけられた。ヘッケルは、新種の発見、命名者としても知られている。その数は3000種を越えるといわれるが、なかには、今日では、彼の分類や発見自体が修正されている生物も存在している。独自の発生学（Embryology）および「反復説」を論じた科学者という側面に加えてヘッケルは、“Kunstformen der Natur（1904）”（邦訳『生物の驚異的な形』）に代表される生物画家としても知られている。特にクラゲなどの無脊椎動物、放散虫の図解研究が有名である。彼は、晩年、生物学者としてだけでなく、自然哲学者としても発言した。主著はDie Welträtsel（邦訳『宇宙の謎』）19世紀中ごろ、進化論は科学の台頭を象徴する出来事だったが、宗教、政治を巻き込む社会問題となり、危険思想ともなった。進化論を支持したヘッケルは生前から誤解と中傷を受けることが少なくなかった。今日でも優生学の源流にあるとして批判されもするが、他方、生物学者として再評価されてもいる。ヘッケルは「人種」について、未開と成熟といった表現を不用意に用いたため、さまざまな批判を生んだ。ダーウィンは人類の起源はアフリカ大陸にあるという単一起源説（Monogenesis）ではなく、今日では人類の多地域人類進化説を唱えた先駆者であるとして再評価されている。（Natürliche Schöpfungsgeschichte (1868)；邦訳『自然創造史』参照）バチカン教皇庁レジーナ・アポストロルム大学大学院教授のリッカルド・カショーリとアントニオ・ガスパリは、ヘッケルは人種差別主義者であったことは疑いえないとして、次のヘッケルの言葉をその評価の根拠としている。ヘッケルの種の優生学的保存などの社会ダーウィニズム的な主張は、のちに優生学として継承され、さらにそうした優生学的な考えは、ナチスによるホロコーストを支える理論的な根拠としても扱われた。また、エコロジーとナチスのファシズムの二つの思想の潮流を辿ると、いずれもヘッケルを介するという点で共通項をあげることができるともされる。1874年、ヘッケルが発生学のテキストAnthropogenieを発刊して、しばらくすると、掲載された図解に、ヘッケルが意図的に改ざんを行ったとのではないかという訴えがWilhelm Hisらによって出される。ヘッケルは改ざんの事実を否定する。近年の研究によって、図解の改ざんがあったという批判は正当なものであるが、一部の批判は純粋な科学的な問題ではなく、当時、進化論を認めなかった勢力による政治的攻撃という偏向したものであったと言われている。

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