マススペクトル (Mass Spectrum, MS) は、質量分析の結果得られる、横軸に質量（正しくは"m"/"z" 値）、縦軸に検出強度をとったスペクトルである。試料分子の構造に関係する情報が多く含まれるため、既知物質の同定や新規物質の構造決定に用いられる。マススペクトルを解釈する上で問題となるのは、主に"m"/"z" 値、同位体ピーク、およびフラグメンテーションである。また、質量分析計の性能を評価する基準として質量分解能がある。以下それぞれ概略を記す。質量分析においては、試料はイオン化され、電界または磁界中で分離される。このとき、イオンが受ける力は質量 "m" と電荷 "z" の比、"m"/"z" に比例する。したがって、マススペクトルの横軸は質量でなく、"m"/"z" の値である。分子 M をイオン化する際、1価イオン M のみでなく、2価イオン M などが生じることがある。この場合、M はマススペクトル上において M の半分の分子量 ("m"/2) を持つ分子のように現れる。このように1より大きな価数 "n" を持つイオンを多価イオンと呼び、M と表す。多価イオンは試料質量の 1/"n" 倍の値を持って現れる。また、会合しやすい分子では、2量体や3量体など、多量体の形でイオン化することがある。このようなイオンを会合イオンと呼び、"m" 量体由来のピークを "m"M と表す。会合イオンは試料質量の整数倍の値をもって現れる。多価イオンは酸性マトリックスを使ったMALDI法などを用いた際に、また会合イオンはESI法などのイオン化法を用いた際に多く見られる。通常の試料においては、1価・1量体のイオン（分子イオン、あるいは親イオンという）が最も観測されやすく、"n

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