潜水艦隊（せんすいかんたい、英称：Fleet Submarine Force）とは、日本の海上自衛隊自衛艦隊に属する潜水艦を中心に編成された艦隊である。潜水艦隊の司令部は船越地区（神奈川県横須賀市船越町7-73）におかれている。潜水艦隊編成以前の海上自衛隊の潜水艦部隊は、第1潜水隊群（呉市）と第2潜水隊群（横須賀市）が自衛艦隊隷下に編成上並列としてあり、潜水艦の作戦運用は群司令部相互間により調整を実施しており、指揮・運用が二元化されていた。そのため、両潜水隊群の上位組織として潜水艦隊が設けられることとなり、「防衛庁設置法等の一部を改正する法律」（昭和55年11月29日法律第93号）により、1981年2月に新編された（本改正と同時に曹長等の階級が新設された）。潜水艦隊司令官は海将をもって充てられている。なお、作戦行動中の潜水艦の指揮は潜水艦隊司令部が一括で受け持つため、潜水隊群司令部は人事、教育訓練、艦の維持といった機能にとどめ、潜水隊は廃止すべきという意見もみられる。これは潜水艦は単艦での作戦行動が主体で、不要な中間指揮結節を置くべきではないという考えに起因している。潜水艦出港~入港までは勤務の性格上から家族との連絡は出来ない。海上自衛隊では海上で曜日の感覚を忘れない金曜日のカレーは有名だが、潜水艦では昼夜の感覚を忘れないために電灯を、昼は白色、夜(日の入り~夜明け)は暗い所でも文字が見える赤色を使う。階級の低い順に3段ベッド、2段ベッド、艦長は個室。風呂はシャワーのみで3日に1回の利用。娯楽でDVDを視聴する場合も音漏れを防ぐためにヘッドフォンを着用する。

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