パパイン（、EC 3.4.22.2）は、プロテアーゼ（タンパク質分解酵素）の中のシステインプロテアーゼに分類される酵素。植物由来のプロテアーゼとしてはもっとも研究が進んでいるもののひとつである。パパイア () から見つかったことからこの名前がつけられた。熟したパパイアにはパパインはほとんど含まれない。同様の酵素（ブロメライン）が生のパイナップルの果実に豊富に含まれており、肉を柔らかくすることから、酢豚などの料理に用いられるが、缶詰の果実ではこのような効果はない。一般に、酵素は加熱により活性を失う。キウイフルーツのアクチニジンやイチジクのフィシンも同様な酵素である。触媒残基はシステインとヒスチジンで、システイン残基のチオール基の硫黄原子がペプチド結合のカルボニル炭素に求核攻撃を行うことから、タンパク質やペプチドの加水分解が始まる。塩基性アミノ酸、グリシン及びロイシンと続くアミノ酸とのペプチド結合を切断する。パパインは、ロイペプチンなどのペプチド系阻害剤や、システイン残基（チオール基）修飾試薬（水銀化合物など）によって阻害される。

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