マツモトキヨシグループとは、株式会社マツモトキヨシホールディングスの子会社である株式会社マツモトキヨシを中心としたナショナルドラッグチェーンである。マツモトキヨシ連合と呼ばれることもある。括弧内は、本社の所在地を示す。従来からマツモトキヨシが展開しているポイントカードをグループ企業でも利用できるように、各社独自のポイントシステムからマツモトキヨシのポイントシステムへの統合が進められており、「マツモトキヨシ（マツモトキヨシホールディングスのグループ会社が運営する店舗及びフランチャイズ店舗を含む）」に加え、マツモトキヨシ九州販売が運営する「ミドリ薬品」、マツモトキヨシ甲信越販売が運営する「ファミリードラッグ」・「ドラッグマックス」・「ドラッグナカジマ/中島ファミリー薬局」・「イタヤマメディコ」、「トウブドラッグ」、マツモトキヨシ東日本販売が運営する「ダルマ」、杉浦薬品が運営する「ヘルスバンク」、示野薬局が運営する「シメノドラッグ」、ぱぱすが運営する「どらっぐぱぱす」、マツモトキヨシ中四国販売が運営する「くすりのラブ」でも利用可能である（ダルマ・ヘルスバンクは2013年4月より、シメノドラッグは2014年10月より、どらっぐぱぱすは同年11月より、くすりのラブは2015年2月より、イタヤマメディコは同年9月より順次利用開始）。「現金ポイントカード」のカードデザインは基本的に同一だが、グループ企業が発行する分についてはカード表面の「Point Card（マツモトキヨシ九州販売（旧・ミドリ薬品）発行分は"ポイントカード"とカタカナ表記になる）」と「マツモトキヨシ」ロゴの間にグループ企業が展開する店舗名（マツモトキヨシ甲信越販売発行分は「ファミリードラッグ」、杉浦薬品発行分は「ヘルスバンク」）が記され、表面右上の「"Matsumoto KiYoshi"」の部分は「マツモトキヨシチェーン（杉浦薬品発行分は「マツモトキヨシホールディングスグループ」）」に変更されている。また、旧・ダルマ薬局（現在のマツモトキヨシ東日本販売）発行分は「Point Card」の上にマツモトキヨシホールディングスのコーポレートシンボルと「マツモトキヨシホールディングスグループ」が明記される。なお、クレジット機能付の「メンバーズクレジットカード」は基本的にカードデザインはほぼ同一で、発行元により細かなデザインの違いがある程度である。なお、この「メンバーズクレジットカード」は「現金ポイントカード」の設定がない旧・イタヤマメディコ（現在のマツモトキヨシ甲信越販売）発行元のものが存在していた。マツモトキヨシ九州販売（旧・ミドリ薬品）発行分には、黄色の「現金ポイントカード」に加え、青緑色の「ゴールド会員カード」が存在する。こちらは「現金ポイントカード」の機能に加え、システム統合前から展開している「ミドリ薬品」のみで受けられる独自サービス機能（一部製品の常時割引など）を付加したものである。「ゴールド会員カード」を取得するには入会金が必要だが、既に旧仕様の「ゴールド会員カード」を所持している方は新カードへの切換が無料となっている。マツモトキヨシ中四国販売発行分には、右下に緑の四角に白字で「シニア会員」と書かれた「シニアポイントカード」が存在する。これは、かつて同社子会社であったラブドラッグスが発行していた「くすりのラブ現金ポイントカード」に用意されている60歳以上の方を対象とした「シニアポイントカード（こちらは右下に青の四角に白文字で「シニア会員」が明記される）」の「マツモトキヨシ」ロゴ仕様で、1回の支払ごとに通常ポイントに加えて特典ポイントとして10ポイント（毎月15日は「特別デー」として倍の20ポイント）が付与される。なお、本サービスはマツモトキヨシ中四国販売独自のサービスであるため、マツモトキヨシ中四国販売以外のグループ会社が運営する「マツモトキヨシ」では通常ポイントのみの付与となるので注意が必要である。2015年7月1日に、日本のドラッグストアチェーンでは初の試みとなるオムニチャネル化に向けた「マツモトキヨシ」公式サイトの全面刷新に合わせて、グループ会社の情報（会社概要・店舗情報など）も「マツモトキヨシ」公式サイトで閲覧できるようになった。このため、一部のグループ会社はコーポレートサイトを「マツモトキヨシ」公式サイトに統合されており、「マツモトキヨシ」公式サイトへの統合案内とマイページ機能・ポイント統合の案内などが明記されている。

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