マザーズ（Mothers、Market of the high-growth and emerging stocks の略）は、東京証券取引所が開設する新興企業向けの株式市場である。大阪証券取引所（現大阪取引所）の当時のナスダック・ジャパン（後のヘラクレス市場→現ジャスダックに統合）に対抗する形で、1999年11月に開設され、同年12月22日にインターネット総合研究所（IRI）とリキッドオーディオ・ジャパン（現ニューディール）が上場第1号企業として上場した（IRIは2007年に、ニューディールは2009年に上場が廃止されている）。2015年1月1日現在、199社が上場している。2013年3月末時点において、上場会社数185社に対して東京都の会社が138社（約74%）を占める。業種では情報通信業が35.7%、サービス業が21.1%で、この2つの業種で過半（約60%）を占める。なお、2013年7月16日に大阪証券取引所との現物市場取引統合に伴い、大証がこれまで運営していたジャスダックも東証が管理・運営することになったため、東証は2つの新興企業向け市場を運営する形となった。上場基準が、東証などの一部や二部市場より大幅に緩いため起業して間もない企業や、成長性は見込めるものの先行投資等により赤字決算の企業も新規に上場している。また、上場審査が一部や二部に比べて、3分の1（約1ヶ月）程度に短縮されている。他方で、マザーズ上場企業には一部や二部上場の企業よりもさらに高い経営の透明性と情報公開が要求され続ける。マザーズ上場企業は、一部や二部で求められる法定開示やタイムリーディスクロージャーに加え、第一、第三四半期業績の開示と投資に関する会社説明会を年2回以上開催することが義務づけられている。2014年3月、東証一部へのステップアップを視野に入れた成長企業向けの市場という位置付けをさらに明確するため、上場後10年を経過した場合の上場廃止基準の見直しと市場変更を促す市場選択制度を新たに導入し、適用を開始した。具体的には二部市場と同じ上場廃止基準が適用されるとともに、二部市場への変更かマザーズ市場への上場継続かを選択する必要がある。マザーズ市場への上場継続を選択した場合、5年後に再度二部市場への変更かマザーズ市場への上場継続かを選択する必要がある。市場全体の時価総額を示す指標として、マザーズでは株価指数として東証マザーズ指数が、2003年9月16日より算出されている。マザーズ指数の算出は東証1部におけるTOPIXと同様であり、普通株式全銘柄を構成銘柄として時価総額加重平均型株価指数の形で行われている。数値は2006年1月16日にピークの2800.68ポイントをつけたものの、その後はライブドアショックを機に下降線をたどり、2008年10月10日には269.41ポイントと、一時はピークの10分の1以下の水準にまで落ち込んだ。株価指数が3年弱で10分の1以下に下落するという騰落率は、先進国の市場においては異例のことである。この要因として、マザーズにおいて圧倒的な取引額・時価総額を誇り、2000年代半ばのマザーズのブームの牽引役であったライブドア（後のライブドアホールディングス→LDH）がライブドア事件を起こし株価を暴落させた挙句に、2006年4月に上場廃止に至ったことや、ライブドア事件を機に投資家や市場関係者の間でマザーズ全体に対する根強い不信感が広がったことなどが挙げられる。その後の2012年まで300ポイント台で終始していたが、2013年から回復し始め、2014年ピークだった2006年の約4割にあたる1000ポイントまで回復した。また日本における他の新興市場と同様に、マザーズにおいてはデイトレーダーをはじめとする個人投資家による取引が東証1部に比べ活発であったため、サブプライムローン問題のように個人投資家が損失を抱えた場合に追証や売買高減少などの影響をまともに受けやすい環境にあったことも原因となっている。マザーズを構成する個別銘柄においても、マザーズブームの2000年代中頃に新規上場された企業には、上場時に一株純資産の100倍以上という過剰な期待価格を付けて大量の資金調達に成功しながらも、上場直後の最高値（時には初値）をピークに後にあとは下落の一途という経緯を辿ってしまったものが多い。それらの中にあっては、一時の最高値から見れば10分の1程度の価格に低迷してしまった銘柄は多数あり、さらには最高値の100分の1以下（中には1万分の1以下）という極端な下落をきたし、その後も低調な値動きしか見せられない銘柄も珍しくない。ライブドア事件以降も、2009年11月に上場したエフオーアイが、実際には売上として申告していた金額のほぼ全てが粉飾決算という内容で上場審査を通過して株式を上場しており、半年後にこれが発覚して上場廃止が決定するやたちまち経営破綻するという不祥事を起こしている。これらの事象から、マザーズにおいては上場審査のシステムが正常に機能していないのではないか、という批判が市場関係者や専門家から聞かれることもあり、マザーズ市場そのものの信頼性が揺らいでいる。※現在もマザーズに上場している銘柄のみ。※上場予定を含む。

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