経営難のため、設置翌年の1950年（昭和25年）に一人も卒業生を出せずに廃校した。 1950年（昭和25年）11月30日の衆議院文部委員会でも久我山大学の廃校問題が取り上げられており、渡邉助教授が学年末まで廃校を食い止めようとしたが、多勢に圧されたとされる。現存資料は乏しく、大学全体の詳細は不明である。設立前の計画では上記の他に、工学部応用化学科・経済学部（経済学科・経営学科・貿易学科・交通学科）の設置が予定されていたが実現しなかった。入学試験は書類選考のみであり、事実上無試験の状態であったという。

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