『ミステリーボニータ』は、秋田書店が発行している月刊少女漫画雑誌。発売日は前月6日で、都合により5日（或いは4日）に発売されることもある。1988年5月、『ボニータ』の派生誌として創刊された。主にホラーやミステリー、アクション、ファンタジー、歴史・時代物、SFなどの長編作品を掲載。1996年に『ボニータ』が休刊となった際に同誌の連載作品を引き継いだため、本来の雑誌のカラーだったホラーやミステリーに加えて多彩なジャンルの作品が連載されることとなった。2013年4月号よりリニューアルを敢行し、『九 neuntote』、『パレードはどこへ行くの?』、『クジラの子らは砂上に歌う』、『アンの世界地図〜It’s a small world〜』など新連載を順次開始。この他、ロゴの変更やページ増など誌面改革を実施しており、他社の少女誌で活躍する結賀さとる、奈々巻かなこ、吟鳥子、白井弓子などの起用も増えている。宝島社の漫画紹介ムック『このマンガがすごい!』2015年版オンナ編において、『クジラの子らは砂上に歌う』が第10位、『パレードはどこへ行くの?』が第47位にランクインした。2016年、長岡良子と九条タカオミのこれまでの作品は絶版になったため、HPのデータからコミックスの情報が削除された。作品により連載間隔が異なっており、毎号に全ての連載作品が掲載される訳ではない。以下のリストは作者別の五十音順による記載。

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