2003年10月1日に神戸大学と統合、神戸大学（深江キャンパス）海事科学部を発足。以後も、神戸商船大学は、在籍する学生のために存続していたが、2004年3月31日国立大学が独立行政法人化し国立大学法人となるのにあわせて廃校した。在学生は同日付で神戸大学に転籍した。その結果、海事科学部は新設された3つの課程（海事技術マネジメント学課程、海上輸送システム学課程、マリンエンジニアリング課程）のほかに、旧神戸商船大学の4つの課程の学生が在籍することになった。平成19年3月で旧神戸商船大学からの移籍学生は卒業したが、留年等で残る学生が在籍し（最長8年間）、平成22年までは存続することになっている。神戸商船大学では、一般に想像される船舶職員の養成（商船システム学課程。航海、機関含む）に加えて、学部に4つある教育課程のうち3課程が工学課程（輸送情報システム工学課程、海洋電子機械工学課程、動力システム工学課程）だった。1959年12月に本学で原子力関係の講義が開設され、以降原子力関係講座、ならびに施設などが整備されてきた。1972年4月には旧日本原子力産業会議をはじめとする海運界などの積極的な支援もあり原子動力学科が開設された。1979年には、船員教育とともに関連する科学技術教育の充実の両立を教育方針とし、輸送科学科、1980年には海洋機械管理学科を設立。大学院修士課程を1974年に設置。1997年には博士課程を設置。本部と学舎は、現在の神戸大学海事科学部（神戸大学深江キャンパス）にそのまま引き継がれている。私立川崎商船学校→神戸高等商船学校→神戸商船大学と受け継がれてきたと一般的に思われており、神戸大学海事科学部でも神戸高等商船学校が神戸商船大学の前身だと認めているが、国立学校設置法から見て神戸商船大に包括されている学校はないのである。本学の法的根拠に言及するならば、旧神戸高等商船学校は、1945年4月に東京高等商船学校および清水高等商船学校と三校統合を行って発足した高等商船学校に包括されており、したがって、高等商船学校の法的継承校は後の東京商船大学であって、現在の東京海洋大学海洋工学部となる。その視点で論ずる場合、旧神戸高等商船学校は東京海洋大学海洋工学部に包括されており、神戸商船大学は戦後に旧神戸高等商船学校の校地と教育機能を復活させ新規に設立した大学である。しかしながら、教育機関の沿革を論ずる上で最も重要なのは、教育機能の継承という観点であって、それに基づいて、神戸商船大学は本学の起源を旧神戸高等商船学校にあるとし、現在の神戸大学海事科学部もそれを継承しているものである。私立川崎商船学校→神戸高等商船学校は、高等商船学校神戸分校時代を経て、海技学院とともに海技大学校となった。

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