AFCチャンピオンズリーグ2006（AFC Champions League 2006）は、2002-2003年に第1回大会が行われて以来、4回目のAFCチャンピオンズリーグである。アラブ首長国連邦、イラク、イラン、ウズベキスタン、カタール、クウェート、サウジアラビア、シリア、韓国、中国、日本、ベトナムの12の国と地域から各2チームと、前回優勝チームのアル・イテハド（サウジアラビア）を加えた25チームが参加。（サウジアラビアは前回優勝チームを加え3チーム出場となる。また、インドネシア、タイの2ヶ国4チームも参加予定だったが事情により失格となり不参加）。2006年3月8日に予選が開幕した。AFC所属国の国別ランキング上位14ヶ国・地域のリーグ戦王者とカップ戦王者チームが出場。東地区（東アジア・東南アジア地域）では12チームを3グループに、西地区（中央アジア・西アジア・中東地域）では16チームを4グループにそれぞれ抽選によって振り分ける。東西ともに、それぞれのグループでホーム・アンド・アウェー（H&A）による総当たり戦を行い、各組1位が決勝トーナメントへ進出。もしも勝ち点が同じチームが出た場合の順位の付け方は以下のとおりである。決勝トーナメントに進出チームは太字敗退チームは"斜字"で表記。 * アレマ・マラン（インドネシア）、 タバコ・モノポリー（タイ）の書類申請の遅れにより失格により2チームによるリーグ戦。 * ペルシプラ・ジャヤプラ（インドネシア）、 プロヴィンシャル・エレクトリカル・オーソリティ（タイ）の失格により2チームによるリーグ戦。各組1位のチームと前回優勝のアル・イテハド（サウジアラビア）を加えた8チームによる、決勝まで一貫したH&Aでのトーナメント方式

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