株式会社ヤクルト本社（ヤクルトほんしゃ）は、日本の飲料・食品・化粧品・医薬品メーカーである。乳酸菌飲料メーカーとしては国内最大手。1980年代までは非上場会社だった。国外売り上げ比率は４割。プロ野球チーム「東京ヤクルトスワローズ」の親会社である。そのため、杉浦享や青柳進、萩原多賀彦、五十嵐貴章、花田真人等の元スワローズの選手が何人か社員として在籍している。また、陸上部も有名。2007年（平成19年）からは日本プロバスケットボールリーグ（bjリーグ）「埼玉ブロンコス」のオフィシャルパートナーも務める。2013年からは日本プロサッカーリーグ(Jリーグ)「ジェフユナイテッド市原・千葉」のオフィシャルパートナーを務める。マスコットキャラクターにヤックンとビッフィーがいる。コーポレート・スローガンは「人も地球も健康に」。近年はスリム化のため工場の大規模化統合を進めていて、2015年には食品工場が本社5、子会社5に集約された。福島工場を除き、一般の工場見学を予約制で受け付けている。少人数単位でも見学可能。販売ルートは、ヤクルトレディーによる訪問販売と、スーパーマーケット・コンビニエンスストアなどの量販店で販売するものの2つがある。太字はヤクルトレディーによる専売品、"斜字"は店頭販売のみの商品。ヤクルト本社により製造・販売されている乳酸菌飲料である。「Yakult」はエスペラント語でヨーグルトを意味する「Jahurto」（ヤフルト）から作られた造語。ヤクルトを代表とする「乳製品乳酸菌飲料」が、その創始者である代田博士により「日本国民の健康に広く寄与する」ために国内に広められて以来、「明治 がんばれ元気」（明治乳業(現・明治)）、「ローリーシリーズ」（雪印ローリー→雪印ラビオ→カゴメラビオ→カゴメ）、「クロレラライトシリーズ」（クロレラライト本社）等、類似商品が多数製造・発売されている。これらは「発酵乳」製造技術を持つ企業による製品であり、多くの製品が「L.Casei」という種名の乳酸菌が利用されている。近年では「L.Casei」の中でも株名（ヤクルトでは「シロタ株」）までこだわった商品も多く、特定の菌株ごとの健康効果をPRしている。先発医薬品後発医薬品創始者の代田稔は、多くの人の健康に寄与すべく「ハガキ1枚程度の値段で買えるヤクルト」を経営標語とした。ほかほかキリンビールグループと2005年（平成17年）6月に包括事業提携の覚書を締結。清涼飲料水や健康・機能性食品事業の共同展開を開始した。フランスの乳製品メーカーであるダノン社は、欧米の食品メーカーからの敵対的買収を防ぐために、先手を打ってヤクルト本社の買収を計画、企業規模を拡大することで生き残りを模索した経緯がある。独自路線を指向したヤクルト本社側の猛烈な抵抗により破談となったが、結果的に現在の筆頭株主 (20%)となっている。このような背景もあり、2004年（平成16年）より海外の乳酸菌事業でダノン社との提携がおこなわれている。なお、国内でダノンジャパン（ダノン社の日本法人、旧社名：カルピス味の素ダノン）がヨーグルト事業を展開しており、主要販売先として味の素がかかわっているため、インドをはじめとした日本国外に限っている。戦略提携関係は2013年4月で終わったが、引き続き協業関係を維持するため新たに覚書を交わしている。ヤクルトは2005年世界水泳モントリオール大会の公式飲料として、Finaに認定された。番組を独占中継しているテレビ朝日とBS朝日では「アントニオ君」を起用したTV-CFを数回に渡ってオンエアし続けてきた。また、試合会場にはヤクルトの容器を模した広告看板が目立つところに置かれている。ヤクルトには中・長距離種目の選手が所属する陸上競技部があり、東京マラソン初代王者のダニエル・ジェンガなどが所属している。過去には、駒澤大学陸上競技部監督の大八木弘明や、明治大学体育会競走部駅伝監督の西弘美なども所属した。またニューイヤー駅伝の常連チームでもある。陸上競技部の寮はスワローズの二軍寮であるヤクルトスワローズ戸田寮の隣にある（スワローズが現在の戸田寮が完成するまで使用していた建物）なおアルゼンチンからは2012年に撤退した。

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