1956年（昭和31年）に設立された短大・東京女学館短期大学を前身とし、2002年（平成14年）に国際教養学部のみの4年制大学（女子大学）として設立された。同じ学校法人・東京女学館が運営する小学校・中学校・高等学校が渋谷区広尾にあるのに対して、東京女学館大学は町田市鶴間にあり、最寄の鉄道駅は東急田園都市線の南町田駅である。少人数教育を特徴とし、学費は初年度納付金が179万円であるなど、女子大としては比較的高額であるとされる。大学全入時代の到来等に伴う学生募集の不振から約25億円の累積赤字を抱えているとして、学校法人東京女学館の理事会は2012年（平成24年）4月、東京女学館大学は同年度の新入学生を最後に学生の募集を停止し、2016年（平成28年）3月をもって閉校することを発表した。東京女学館大学では2002年（平成14年）の開校以来定員割れが継続しており、入学定員をそれまでの115名から20名減らして95名とした2012年（平成24年）4月からの年度においても、入学者は52人に留まっていた。一方、大学の教授会は理事会による閉校の決定について、募集停止について事前に知らされなかったとして撤回を求めている。2016年2月28日、朝日新聞が在籍する約40人の学生のうち数人が卒業に必要な単位が不足することから留年する可能性があるため、大学の閉校が延期される可能性があると報道した。大学側は、教員らは予定通り3月末で退職とし、新規に教員を採用することで留年する学生に対応するとしている。2016年5月23日発行の学校広報誌「東京女学館ニュース」によると、2016年（平成28年）度は留年となった3名の学生が大学に在学していることが公表されている。初代学長は、中根千枝。2004年（平成16年）に就任した3代目学長は教育学者の麻生誠、2007年（平成19年）から翌年まで在職した4代目学長は天野正子（社会学者）であった。2011年（平成23年）現在の学長は福原孝明。

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