株式会社本田技術研究所（ほんだぎじゅつけんきゅうしょ、英語表記Honda R&D Co.,Ltd.）は、本田技研工業の研究開発部門を分社化した企業である。本社は埼玉県和光市にあり、朝霞市、栃木県芳賀郡芳賀町などに研究所を持っている。伝統的に、本田宗一郎以降の本田技研工業の社長は、研究所出身者から選ばれている。本田技術研究所は1960年設立。元々は藤沢武夫（当時本田技研工業専務）が「研究所を本社から分離することで、目先の業績に左右されない自由な研究環境が実現できるだけでなく、一般的な企業のピラミッド型組織と異なるフラットな組織の実現も容易に行え、研究員に対する待遇も改善できる」と考えたことがきっかけである。ただ設立準備段階では、当時の本田技研工業の業績が安定せず、しばしば工場において労働争議が発生していたことなどから、「労働組合の分断工作である」として社員から大きな反発を受けたと伝えられている。また、本田技研工業から研究所に対して、売上高に応じた委託研究費が支払われるという点もユニークである。ちなみにその割合は、設立当初は売上高の2.5%となっていたが、2012年現在は5%をベースに積み増した額（約5,000億円程度）が支払われていると見られている。ここ近年、階層が増えピラミッド型組織に近づきつつあることを危惧し、フラットな文鎮型組織を目指し、2006年4月に、事業軸別に5つの開発センター体制に移行するとともに内部でも大きな組織変更が実行された。現場への大幅な権限委譲が図られた。本田技術研究所 沿革を参照。

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