水素燃料エンジン（すいそねんりょうエンジン hydrogen fueled internal combustion engine）とは、水素を燃料とする内燃機関のこと。水素ガスを燃料とするため二酸化炭素を発生させない。日本では1970年代頃より武蔵工業大学（現東京都市大学）の古濱庄一が日本で初めて水素を燃料としたレシプロエンジンの研究に取り組んだ。大気中に窒素が存在することから、燃焼時に窒素酸化物 (NOx) が発生することは避けられないものの、通常のガソリンエンジンに比べると発生量は少ない。またごく少量ながら、従来の燃料では発生しない過酸化水素類が発生するため、これの対処が必要となる。大気圧下の水素は体積当たりのエネルギー発生量で比較するとガソリンに劣る。そのため、燃料となる水素を圧縮する・水素吸蔵合金に蓄える、などの手法を採る必要があるが、いずれも耐久性・安全性が十分でない。水素供給を担う水素スタンドをはじめ、水素自体の生産・輸送・備蓄のための社会インフラはまだ未整備である。

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