『サクラ大戦物語 〜ミステリアス巴里〜』は、セガ（後のセガゲームス）によって2004年3月18日に発売されたPlayStation 2用ゲームソフト。「サクラ大戦シリーズ」の外伝である「サクラ大戦物語」シリーズ第1弾となる「巴里編」である。脚本は田村純一。『サクラ大戦3 〜巴里は燃えているか〜』から1年後のフランス・巴里を舞台に、劇場シャノワールの踊り子の連続失踪事件を発端とする一連の事件を描く。プレイヤーはオリジナルキャラクターである日本人の探偵・明智小次郎、または小次郎の妹・明智ミキとなり、巴里花組のメンバーと共に事件の謎を追う。なお、内容が殺人事件ものであるに関わらず、CEROのレーティングが「対象は全年齢」「このゲームには暴力シーン及びグロテスクな表現がある」マークがないという作品でもある。小次郎でゲームをプレイする場合はライフの表示があり、選択肢などによりライフが減り、ライフが0になるとゲームオーバー。ただしミキでのプレイにはライフの表示がない。また、シリーズでおなじみのLIPS (Live & Interactive Picture System)をはじめ、ジョイスティックを使用し発言の強弱を付けるなど本ゲームでは変り種LIPSが多数登場する。本編シリーズの主人公である大神一郎は登場せず、名前のみが語られる。2002年に「サクラ大戦ワールドプロジェクト」の発売予定ソフトとして発表された際には、本作と共に「サクラ大戦物語 帝都編」の発売も告知されていたが、以後続報が一切無い状態が続いていた。そして雑誌「週刊ファミ通」2008年10月3日号の誌上にて、正式に発売中止と掲載された。

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