上田駅（うえだえき）は、長野県上田市天神一丁目にある、東日本旅客鉄道（JR東日本）・しなの鉄道・上田電鉄の駅である。JR東日本の北陸新幹線、しなの鉄道のしなの鉄道線、上田電鉄の別所線の3路線が乗り入れている。そのうち別所線は当駅が起点となっている。 地上1階にJR東日本新幹線の出改札があり、地上2階の南北自由通路を兼ねた橋上駅舎にしなの鉄道と上田電鉄の出改札がある。市街地側の北口は「お城口」、別所温泉側の南口は「温泉口」と呼ばれる。「お城口」は蔵をイメージしたデザインとなっており、夜には上田市ゆかりの真田家の家紋「六文銭」が間接照明で照らされる。お城口下部の黒いなまこ壁はは当初モルタル仕上げとする予定であったが、市民から1億5000万円の寄付金が集まり黒御影石を貼り合わせたものとなった。相対式ホーム2面2線を有する高架駅。北陸新幹線の軽井沢駅 - 長野駅間における唯一の高架駅である。待避線がないため可動式安全柵を装備している。当初計画では島式2面4線とする案もあったが、開業後の需要予測から軽井沢と長野の待避設備で対応可能と判断され、現在の相対式2面2線となった。終日社員配置駅で、自動改札機（モバイルSuica用リーダ・ライタ付属）が設置されている。乗車券類はみどりの窓口（営業時間 5：40 - 22：00）、みどりの窓口内指定席券売機、同えきねっと券売機、みどりの窓口横タッチパネル式自動券売機で購入することができる。ホームに向かうエレベーター、エスカレータが設置されている。2007年3月18日からのJR東日本新幹線・特急列車禁煙化に伴い、ホーム上に喫煙ルームが設けられた。駅構内にびゅうプラザ上田駅（営業時間：平日10時00分 - 19時00分、土休日10時00分 - 17時30分）・待合室・自動体外式除細動器（AED）がある。トイレは改札内にある。改札外では駅の自由通路下（お城口・温泉口）のトイレが利用できる。相対式ホーム（下り本線）と島式ホーム（中線と上り本線）2面3線を持つ地上駅。相対式ホームは北陸新幹線(長野経由)建設にあわせて新設されたものであり、島式ホームはかつての下り本線と中線ホームであるので、両者は高さや構造が違っていたが、島式ホームは嵩上げ工事を行い、同一の高さとなった。終日社員配置駅。乗車券類は出札窓口（営業時間：5時40分 - 22時00分、POS端末設置）、窓口横自動券売機で購入できる。また窓口横にはしなの鉄道関連グッズなどを販売するコーナー（売店）があり、勘定は窓口にて取り扱う。駅構内に待合室、コインロッカー、真田幸村グッズなどの土産コーナー（勘定は窓口にて取り扱い）、無人新聞スタンドがある。トイレは改札内のみ。2008年12月22日より、1・2番線ホーム、3番線ホームに向かうエレベーターが使用を開始した。新幹線工事の際（JR信越本線時代）に線路が全体的に南側に移転となりその際、1番線がかつての2番線、2番線がかつての3番線、3番線は留置線を転用する形で新設された。発車メロディは東洋メディアリンクスで信越本線時代からの発車メロディをそのまま利用している。1番線が「Water Crown」、2番線が「Gota del Vient」、3番線が「Cielo Estrellado」。なお、以前は全ホームで「Water crown」の短縮版を使用していた。ただし、ワンマン運転の場合は発車メロディは取り扱わず発車ベルが用いられる。単式ホーム1面1線を有する高架駅。新幹線開業(1997年10月1日)後の1998年3月29日に、地上駅から高架駅になった。終日駅員配置駅。上田電鉄駅務室、自動券売機（2機）、待合室がある。改札口上部にて沿線観光案内映像を流しているほか、駅務室窓口にて上田電鉄グッズの販売も行っている。また改札内にトイレがある。駅番号はBE01。高架化以前は、JR（現しなの鉄道）のホームと同位置にホームがあり、連絡橋を渡る形で乗り換えができたが、1998年3月29日に高架化され、ホームは長野側（別所線下り側）に移動している。また構内には別所線の車両基地・留置線もあったが、高架化に伴い車両基地機能は下之郷駅構内に統合されている。高架化後は留置線・側線を持たない棒線駅となっており、車両の留置はできない。ホームの壁にはかつて別所線において運用されていた「丸窓電車」の丸窓をモチーフにした円形のはめ殺し窓が配されている。高架化以来待合室に隣接しておぎのや上田駅売店があり、立ち食いそばと峠の釜めしの販売を行っていたが、2013年2月28日をもって閉店した。おぎのや売店があったスペースにはコインロッカーと上田電鉄のイメージキャラクターをデザインした自動販売機が設置された。また駅事務室に隣接して上田交通不動産情報コーナーがあったがその後閉鎖され、2015年9月11日に同コーナー跡に地酒立ち飲み・焼き鳥店「やきとり番長」が開店したほか、新たに自動販売機コーナーも設けられた。1927年（昭和2年）11月20日に、現在の上田駅の高架下、タリーズコーヒーやからあげセンターが出店している付近に通称「北東上田駅」が設置されていた。完成時には丸屋根の車庫を備え、2面のうち1面を留置専用、もう1面を乗降車用としたホームを持っていた。さらにホームの先には留置線が配置され、電車区と貨物駅を兼ねた構造だった。信越本線と「川西上田駅」との連絡は、東京方面が降車後そのまま歩いて連絡、長野・松本・直江津・別所温泉・青木・西丸子方面は連絡橋を渡る仕組みになっていて、便利であった。1953年に上田丸子電鉄の本社ビルが完成すると、本社側にもホームが完成し2面2線となり、1955年8月には「電鉄上田駅」としてリニューアル。別所線・西丸子線の切符も販売し改札も独自のものを使うようになった。また本社前には東急バスの渋谷駅行き特急バスが停車し、結構にぎわっていたという。駅の廃止後は広い構内に東急インが建設され、線路敷は駅レンタカーの営業所に転用されたが、新幹線の上田駅が建設されて現在の形となった。現在でも架線柱の跡が残っており、当時を偲ばせる貴重な遺構となっている。近年の一日平均乗車人員の推移は以下のとおり。年間乗車人数及び1日あたり乗車人員は次のとおり。

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