プロ野球ドラフト会議（プロやきゅうドラフトかいぎ）は、日本野球機構が開催する、新人選手獲得のために行われる会議である。正式名称は新人選手選択会議。この会議は、毎年10月と11月に一般社団法人日本野球機構（NPB）が主催し、新人選手選択会議規約に定められた手順に基づいて、新人選手との契約交渉権をプロ野球に属する各球団に振り分けるものである。NPBでは新人選手選択会議の他に、育成選手獲得のための育成選手ドラフト（正式名称は育成選手選択会議）が行われる。ドラフト会議では、新人選手選択会議規約第1条に定められた新人選手が対象となる。すなわち、過去に日本プロ野球の球団に入団したことがない選手のうち、日本国籍を持っている、もしくは日本の中学校、高校とこれに準ずる学校、大学とこれに準ずる団体のいずれか（つまり一条校）に在学した経験をもつ選手である。日本の学校に在学中の場合には、ドラフト会議の翌年3月卒業見込み、大学の場合は4年間在学している選手であること。四国アイランドリーグplusやベースボール・チャレンジ・リーグといった国内の独立リーグは社会人野球と同様に扱われるが、プロ志望の選手については、所属初年度から指名することが可能である。これは四国アイランドリーグが発足した2005年にリーグからの要望を受けて行われたもので、その後発足したベースボール・チャレンジ・リーグでも踏襲された。日本プロ野球を介さずに直接メジャーリーグや海外の独立リーグなど、日本国外のチームに在籍した選手についても、ドラフト指名が原則として義務付けられている。プロ志望届を提出したドラフト対象選手がドラフト会議の指名を拒否して外国球団と契約した場合、高校生は帰国から3年間、高校生以外は2年間ドラフト指名凍結選手となり、ドラフト指名を行うことはできない。夏季オリンピックにおける野球競技で、アマチュア選手のみしか出場できなかった時代（1984年・ロサンゼルスから1996年・アトランタまで）には、アマチュア側が五輪強化選手を指名凍結選手としてリストアップし、その選手に関しては当該オリンピック終了までドラフトの指名をしないように指定した(例：アトランタ五輪時の小野仁)。但し、指名凍結選手となった場合、オリンピック開催後のドラフトにおいて、中・高卒3年、大卒2年の凍結期間に関係なく指名できた。ドラフト会議によって得られるのは、選手との契約交渉権である。したがってドラフト会議で指名した後に選手契約ができなければ、指名選手の入団には至らない。選手契約交渉権の期限は、その選手との契約交渉権を獲得したドラフト会議の翌年3月末までであり、それまでにその選手と契約し支配下選手として公示することができなければ、契約交渉権は無効となる。社会人野球チームの所属選手については、この期限が翌年1月末までとなっている。新人選択会議規約では、高等学校在学生の選手を対象とした「高校生選択会議」（毎年10月1日～14日）、高等学校在学生以外の選手を対象とした「大学・社会人ほか選択会議」（毎年11月10日～22日）、の2つの会議を招集するよう定められているが、2008年度以降一括開催されている。選択会議で指名選手が120人未満であった場合に選択会議終了後に行われる。支配下登録選手ではなく育成選手の獲得を目的とした会議である。2004年に明治大学の一場靖弘に対し、いくつかの球団の関係者が自由獲得枠での獲得を目指して裏金を渡していた問題（一場事件参照）が発覚した。この事件の元凶は、上に示した当時のドラフト制度にあるとされ、これを改めることになった。改正内容に関しては、ドラフト制度の中で契約金と契約順が制限されている事が裏金を使う温床になったのであり、自由に新人選手を獲得できるようにすれば、裏金が生まれる必然性がなくなると主張しより自由競争に近い方式を求めた球団と、ドラフト制度の中に中途半端に自由競争を持ち込む自由獲得枠という制度が裏金の温床になると主張し、自由獲得枠を撤廃し完全ウェーバー方式のドラフトになれば裏金は発生することはないと主張する球団とがそれぞれの希望に沿った制度改正を主張した。裏金問題の解決を目指して始まった議論だったが、各球団ともに自らが有力な選手が獲得できるような制度を求めたまま対立し、意見が一致することはなかった。妥協案として、試行的に2005年と2006年の2年間は、自由獲得枠の名称を希望入団枠と変更した上で枠を2から1に減らしたドラフト会議を行った。※1：2008年以降、国内の独立リーグ所属選手や外国のプロ野球選手を指名した場合は人数制限に含まない。開始当初から1988年までは、指名選手の発表は司会者によって読み上げられ、その後1位指名確定選手についてはパネルに手書きされた紙を貼り付けていた。1989年からは指名選手は発表と同時に会場に設えたモニターテレビで表示し、重複指名・ならびに2位以下の選手についても表示されるようになった。現在の指名入札及びウェーバー方式では、選手側における球団選択の自由がほとんどないことから、選手の海外流出懸念と絡めて、さまざまな意見がある。プロ野球志望届を提出したプロ野球ドラフト会議で指名可能な選手であっても、メジャーリーグでのプレー志望を表明した場合は、選手の意思を尊重して指名が見送られる場合がある。しかし、これを逆手に取ってある球団がどうしても獲得したい選手がある場合に、当該選手にメジャーリーグ志望を表明させて、他球団からの指名を回避させる方法を「抜け道」として利用する懸念があり、当該ケースを想定したルール整備を行うべきとする意見がある。1968年のドラフトでは山本浩司（広島1位）、田淵幸一（阪神1位）、有藤通世（東京1位）、野村収（大洋1位）、星野仙一（中日1位）、山田久志（阪急1位）、東尾修（西鉄1位）、大橋穣（東映1位）、加藤秀司（阪急2位）、大島康徳（中日3位）、金田留広（東映4位）、福本豊（阪急7位）、島谷金二（中日9位）、門田博光（阪急12位・入団せず）、藤原満（南海4位）、稲葉光雄（広島6位・入団せず）、長崎慶一（阪神8位・入団せず）、水谷則博（中日2位）など、1970年代から1980年代のプロ野球を代表する選手が数多く指名された。阪急が指名した15名のうち、3名（加藤、福本、門田）が2000本安打を達成し、1名（山田）が200勝を達成している。巨人はこの時、田淵が他球団に指名されてしまった場合には星野を1位で指名すると公言していたが、実際には星野ではなく島野修を指名し、それを聞いた星野が「ホシとシマの間違いじゃないのか」と発言したことも有名である。島野はこの後、選手としては大成出来なかったが、阪急に移籍・引退後日本のプロスポーツにおけるチームマスコットのスーツアクターの先駆者となる。100メートルの日本記録を更新し、1964年東京オリンピックと1968年メキシコシティオリンピックに出場した陸上選手飯島秀雄が東京の9位で指名されたことでも話題を呼んだ。1989年もドラフトが豊作となった年として知られる。野茂英雄に史上最多となる8球団の指名が集中し、抽せんで近鉄が引き当て入団。その野茂の外れ1位だけでも佐々木主浩（大洋1位）、小宮山悟（ロッテ1位）、西村龍次（ヤクルト1位）、葛西稔（阪神1位）、元木大介（ダイエー1位・入団せず）といった名前が並び、その他にも与田剛（中日1位）、潮崎哲也（西武1位）、佐々岡真司（広島1位）、岩本勉（日本ハム2位）、古田敦也（ヤクルト2位）、井上一樹（中日2位）、石井浩郎（近鉄3位）、吉岡雄二（巨人3位）、橋本武広（ダイエー3位）、前田智徳（広島4位）、宮地克彦（西武4位）、新庄剛志（阪神5位）、種田仁（中日6位）、浅井樹（広島6位）と、メジャーリーグ経験者4名（野茂・佐々木・新庄・小宮山）が輩出されるなど1990年代から2000年代にかけて活躍した選手が多数指名されている。また、後にタレントとなるパンチ佐藤（佐藤和弘）もオリックスに1位指名されている。1996年はアトランタオリンピックが行われた年で、井口忠仁、今岡誠、谷佳知、松中信彦ら銀メダルに貢献したメンバーが上位で指名された。他にも小笠原道大、和田一浩、岩村明憲、森野将彦、小坂誠、柴原洋、礒部公一など後にチームの主力打者に成長するメンバーが指名され、特に打者の人材は当たり年のドラフト会議であった。他にも当たり年として名高いのは1980年度生まれで、1998年のドラフトに指名された高校生選手・2002年のドラフトに指名された大学生選手が挙げられる。これについては後に「松坂世代」と称されるようになった。逆に、1986年のドラフトの様に、かつてはアマチュア選手しか出場できなかったオリンピックの野球日本代表選考に伴う有力選手の指名凍結などの影響で期待値の高い選手が数えるほどしか見当たらず、凶作と言われた年度もある。の第50回全国高等学校野球選手権大会で準優勝した静岡商高の新浦寿夫は韓国籍であった。高校を中退してプロ入りしたいと表明したが、当時のドラフト制度の規定では獲得対象選手が「日本国籍をもつ者」で、日本の学校を卒業しても外国籍の選手はドラフト対象外であったため、ドラフト制度で制限であった契約金1000万円条項は無視された形となり、国内の6球団およびメジャーリーグも巻き込んだ争奪戦となった。この結果、新浦は同年に高校を中退して読売ジャイアンツにドラフト外で入団した。これがきっかけとなり、その後「日本の学校に所属する選手はすべてドラフトにかける」というルールに変更された。2005年の高校生ドラフトでは、抽選結果が誤って発表され、後から訂正されるというトラブルが発生した。ドラフト会議で抽選が行われたのは2002年以来3年ぶりであったということがきっかけとなった。読売ジャイアンツとオリックス・バファローズが大阪桐蔭高等学校の辻内崇伸を1位指名したため、両者の間で抽選が行われた。オリックス・バファローズの中村勝広GMは外れくじを引いたのだが、くじの当たり外れを問わずに押されていたNPBの公式印を交渉権獲得の印と勘違いして当たりくじを引いたと主張したため、オリックス・バファローズが辻内との交渉権を獲得したと発表された。北海道日本ハムファイターズと福岡ソフトバンクホークスが福岡第一高等学校の陽仲壽を1位指名したために行われた抽選でも、同様に福岡ソフトバンクホークスの王貞治監督が外れくじを当たりと勘違いして、福岡ソフトバンクホークスが陽との交渉権を獲得したと発表された。北海道日本ハムファイターズのトレイ・ヒルマン監督の引いたくじには「交渉権確定」の印が押されていたのだが、漢字が読めなかったために席に戻った後、高田繁GMの指摘でそれが当たりくじであることが発覚した。読売ジャイアンツの堀内恒夫監督も同様に当たりくじを引いていたことが分かり、辻内との交渉権は読売ジャイアンツ、陽との交渉権は北海道日本ハムファイターズが獲得と訂正された。これらはNPB側が、実際のくじを確認せずに監督の表情や主張を信じて、そのまま抽選結果として発表してしまったことによる。2015年のドラフトでも、2005年と同様のトラブルが発生した。阪神タイガースと東京ヤクルトスワローズが明治大学の高山俊を1位指名したため、両者の間で抽選が行われた。東京ヤクルトスワローズの真中満監督が外れくじを引いたのだが、ドラフト会議のロゴマークを交渉権獲得の印と勘違いして当たりくじを引いたと思い込みガッツポーズしたため、東京ヤクルトスワローズが高山の交渉権を獲得したと発表された。ところがその直後、ドラフト会議を主催しているNPBの井原敦事務局長が当たりくじの確認ミスがあったとアナウンスし、確認の結果、阪神タイガースの金本知憲監督が当たりくじを引いていたことがわかり、高山の交渉権は阪神タイガースが獲得と訂正された。なお、この時は2005年の事例も踏まえ、事前に抽選用紙の説明がなされていたにも関わらず起きた。このトラブルを受け、翌2016年から外れくじはロゴマークも印刷しない完全な白紙に変更された。　など育成ドラフトを含めると　の例がある。

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