山科駅（やましなえき）は、京都府京都市山科区安朱北屋敷町および安朱南屋敷町にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）・京都市営地下鉄の駅である。JR西日本の駅には東海道本線と湖西線が乗り入れており、東海道本線を所属線としている。湖西線は路線としては当駅が起点であり0キロポストもあるが、運転系統上は全列車が東海道本線経由で京都駅あるいはそれ以西へ乗り入れている。アーバンネットワークエリアに属しており、東海道本線は「琵琶湖線」の路線愛称設定区間に含まれている。また特定都区市内制度における「京都市内」エリアに属しており、後者は東海道本線では最も東の駅である。京都市交通局の駅には京都市営地下鉄東西線が乗り入れており駅番号は「T07」となっている。JRの駅はICOCA、地下鉄の駅はPiTaPa（スルッとKANSAI協議会）およびスルッとKANSAI対応カード・トラフィカ京カードの利用エリアに含まれており、それぞれ相互利用可能なカードにも対応している。南北を両駅に挟まれる位置には、京阪電気鉄道（京阪）京津線（大津線）の京阪山科駅が所在している。ホームは築堤上にあり、地平の改札からは築堤下通路から階段を上がる構造である。12両対応の島式2面4線のホームで、旅客案内上は1番のりばから4番のりばまでの番号が振られている。さらに外側にはホームのない通過線があり、運転取扱上は、1番のりばが2番線、4番のりばが5番線、さらに外側に6番線がある。各ホームにはキヨスク・自動販売機が、3・4番のりばには待合室がある。駅構内にはキオスク（1・2番のりばのキオスクは2014年9月付けで閉店）、周辺にはハートイン（セブン-イレブンハートイン）・麺家がある。バリアフリー化工事によりエスカレーターは階段横に設置されたが、エレベーターは改札横から一旦ホームをまたぐ跨線橋（バリアフリー工事で新設されたもの）まで上がりさらに各ホームに降りる構造となり、大きな移動を必要とする。この跨線橋新設のため、下り向きには中継信号機が新たに設置された。バリアフリートイレが設置されている。改札は1か所、南面している。そのすぐ前に、地下鉄山科駅につながる階段の入り口と、京阪京津線の京阪山科駅がある。琵琶湖線の新快速・普通は、原則として内側線走行のため、2・3番のりば（3・4番線）を使用する。当駅に停車するすべての特急と、朝夕時間帯に外側線を走行する草津線直通列車および平日朝の新快速が1・4番のりば（2・5番線）に停車する。湖西線の列車については、京都方面行きは1番のりば（2番線）にしか入線できないため、すべて1番のりばに停車する。堅田・近江今津・敦賀方面行きはラッシュ時に京都駅から当駅まで外側線を走行する一部列車のみが4番のりばに停車し、それ以外は3番のりばに停車する。直営駅で、京都駅（管理駅）の管理下にあるが、地区駅として駅長が配置されている。ただし、傘下に置いている駅がなく地区駅単独で存在という形態となっている。日中時間帯は1時間あたり11本（土曜・休日は12本）が停車する。新快速1本と普通3本（土曜・休日は4本）は湖西線に入る。朝晩は本数が多くなる。新快速は1986年10月31日まで当駅を通過していた。京阪バスロータリーの地下辺りに位置し、ホームドアが設置された島式1面2線ホームを持つ。地下鉄東西線の駅は駅ごとにステーションカラーが制定されているが、山科駅のステーションカラーは藤紫。JR駅の改札前に階段およびエスカレーターがあり、それを降りてなだらかなスロープを進むと地下鉄改札前に至る。定期券売り場あり。なお、京阪山科駅が近接しているため、当駅から御陵駅経由の京阪京津線への連絡切符は購入できない。"※詳しくは、京阪山科駅#直通運転と2つの「山科駅」の運賃問題を参照。"ベッドタウンとして都市化の進んだ山科区内唯一のJR駅で、京都・大阪方面への通勤通学客が多く、また滋賀県内の湖西線各駅・琵琶湖線各駅間の乗換客（特に高校生）も多い。草津延長運転開始時は通過していた新快速は、その後の利用客の増加や湖西線から琵琶湖線への乗換利便性向上のためのちに停車するようになった。さらに通勤客対応の特急「はるか」・「びわこエクスプレス」も停車するようになった。一方地下鉄駅は、山科区内からの京都市中心部への通勤通学客のほか、JRから地下鉄経由の京都市中心部へ、あるいは地下鉄醍醐方面からのJRへの乗換利用客が多い。JR西日本などは、2007年から、市内のバスの渋滞を回避できるとして行楽客の京都市内移動に鉄道利用を促すPRを行っており、南禅寺や平安神宮など東山エリアへの観光地へは山科駅から地下鉄東西線利用を勧めている。片道201Kmを越える切符の場合「京都市内着」として当駅がそのまま利用でき追加料金を要しないが、近距離、特に大阪・神戸方面から来る場合は電車特定区間や特定区間運賃の対象から外れるため、京都駅で下車する場合に比して運賃がかなり高くなる。『京都府統計書』及びJR西日本「データで見るJR西日本」によるJR西日本の駅の1日の平均乗車人員、並びに『京都市統計書』及び『京都市交通事業白書（事業概要）』による京都市交通局の駅の1日平均乗車人員および乗降人員の推移は以下の通りである。駅南側は、真南に向かう京都外環状線沿いに、山科区の中心をなす商業・業務地区である。駅前には駅周辺再開発で誕生した商業施設「ラクト山科」（大丸などが入居）がある。駅のすぐ南を東西方向に走る細い道が旧三条通（旧東海道）であり、その一本南を新しい三条通（旧国道1号、現府道四ノ宮四ツ塚線）が通る。山科区唯一のJR駅であるため自転車利用者も多く、京都市の自転車駐車場（地下）だけで2,000台近く駐輪が可能である。駅北側は低層の住宅地であり、その北の山麓に沿って琵琶湖疏水が流れる。さらに北には毘沙門堂門跡がある。京阪山科駅を挟んで南にはロータリーが設置され、京阪バスほかの路線バスおよびタクシー乗り場がある。また、改札口東側に線路下を通る南北方向の歩行者用通路がある。京阪バス山科駅案内所が設置されており、定期券なども取り扱われている。

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