1987年（昭和62年）設置の愛知技術短期大学を前身として2000年（平成12年）に設置された。愛知工科大学自動車短期大学は、2級自動車整備士を取得し、併設する愛知工科大学（1級自動車整備士コース）に3年次編入することで「1級自動車整備士（国）＋学士」を目指せる日本で唯一の編入型短期大学である。1987年（昭和62年）、愛知県蒲郡市に電子工学科と自動車工業学科を備えた愛知技術短期大学が開学した。2000年（平成12年）、愛知工科大学が開学し、短期大学を愛知工科大学短期大学部に名称を変更した。2007年（平和19年）に短期大学部は愛知工科大学自動車短期大学となった。2008年（平成20年）には大学院を開設した。10月の土日を利用してAUT祭が開かれる。また、「モノづくりプロジェクト」として様々な競技会に出展している。

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