京都所司代（きょうとしょしだい）は、近世の日本において、京都に設置された行政機関である。1568年（永禄11年）に織田信長が設置したものと、江戸時代に江戸幕府が設置したものがある。織田信長が1568年（永禄11年）に足利義昭を擁して上洛し、京都を支配下に置いたとき、室町幕府の機構を踏襲し、家臣の村井貞勝を京都の治安維持のために置いた機関。貞勝は1582年（天正10年）6月2日、明智光秀が信長を殺した本能寺の変のとき、信長の嫡男・織田信忠と共に二条城で討死してしまった。信長の死後、豊臣秀吉が京都を支配下に置いたときは、桑原貞成、杉原家次、浅野長政（この3名は、いずれも1582年（天正10年）から1583年（天正11年）の短期間）、その後前田玄以が京都所司代を務めている。1595年（文禄4年）には石田三成・増田長盛両名が加わった（同年8月近衛信輔あて近衛前久書簡・陽明文庫所蔵）。これらは室町幕府の職名を踏襲したものである。江戸時代に江戸幕府により設置された京都所司代は、京都の治安維持の任務にあたった幕府の部署である。定員1名。3万石以上の譜代大名から任命、役料1万石が給され与力30騎（後50騎）同心100人が付属。京都の制圧、朝廷・公家の監察、西日本諸大名の監視，五畿内及び近江、丹波、播磨の8カ国の民政を総括した。特に初期は徳川家康、徳川秀忠、徳川家光の歴代将軍が度々上洛し所司代体制と将軍上洛の不可分の関係がみられた。幕府支配一元化の方向が見えた1688年京都支配など民生上の権限を京都町奉行に譲った。以後は老中への出世の通過点となり、地位のみが高く幕政上の政治力は急激に低下した。このため幕末には所司代の無力さが指摘され京都守護職がその上位機関として設置された。本来、侍所の長官を所司といい、その代理を所司代というが、江戸幕府には、侍所は、設けられなかった。江戸時代の所司代は鎌倉幕府におかれた六波羅探題や室町幕府におかれた所司代（侍所麾下、京都の治安担当）に倣って設置されたものである。所司代の役所や、住居は、二条城の北に隣接した場所に設けられ、二条城は使用されなかった。また、支配下に京都とその周辺の行政のために京都郡代が置かれたが、後に町中を担当する京都町奉行と周辺部やそこにある皇室領・公家領を管理する京都代官に分離するようになった。京都に置かれた役人の総元締めの立場にあったが、京都市政を預かる京都町奉行や宮中・御所の監督にあたる禁裏付などの役職は平時は所司代の指揮に従うものの、老中の管轄であった。幕末動乱期は、所司代だけでは京の治安を治めるのは難しく、その上に最高機構として京都守護職をおき、所司代はその下に入った。

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