株式会社藤原書店（ふじわらしょてん）は、日本の出版社。主に、歴史、経済学、社会学、女性学等の社会科学全般の専門書や、教養書の出版をしている。新評論の編集者であった藤原良雄により、1989年に設立。1990年に初出版。1991〜1995年に、フェルナン・ブローデル『地中海』（全5巻）を出版。研究者の間で長らく翻訳が待望されながら果たされていなかった出版を成し遂げ（それも創業まもなくであったにもかかわらず）、出版界・読書界で大きな反響を呼んだ。2007年には鶴見祐輔著・一海知義校訂『〈決定版〉正伝 後藤新平』（全8分冊）を完結し、毎日出版文化賞を受賞。藤原の後藤新平への思い入れは強く、「後藤新平の会」の事務局長を務めている。

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