亀田半島の山の手の台地に立地し、亀田川の西側の河岸段丘上に位置している。なお、日本の公立大学で初めて大学名にひらがなを用い、日本の国公私立大学で初めて大学名に「未来」を付した。また、函館市の観光情報サイト「はこぶら」のサイト構築を手がけている。本部棟はPC工法による「スタジオ」と呼ばれる天井高20mの大空間を中心に、透明なガラスの間仕切りを多用した計画となっている。設計は山本理顕設計工場。約100×120mの平面のボックス型5階建。2000年（平成12年）竣工し、2002年（平成14年）日本建築学会賞作品賞を受賞。2004年（平成16年）には公共建築賞最高賞を受賞。研究棟は、西側に隣接する傾斜地に2005年増築。二等辺三角形の格子壁が特徴的なデザインとなっている。設計は本部棟と同じく山本理顕設計工場が担当。

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